conda - Snakemake conda env 路径和 Homer annotatePeaks.pl

Question

我想使用我自己定义的 yaml env 中的 HOMER annotatePeaks.pl ( http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html )。
我需要得到这个 Perl 脚本:

perl /home/rj/miniconda3/envs/metylace/share/homer/.//configureHomer.pl -install hg19

我的 miniconda3 路径将是 conda env 路径。
是否可以？
有没有办法匹配当前规则和 conda env 哈希？
很长的故事:
有一个包装器，但我对其他方式很好奇。
包装器使用该选项来指定 fasta 文件，但 HOMER 能够下载引用本身。
但是，在此之前，我已经调用了一个 perl 脚本并下载了它。但是这个 Perl 脚本在 conda env 路径中的某个地方，并且 conda 不使用名称，而是使用散列。
怎么做？

Answer 1

由于Snakemake会激活环境，所以应该可以使用CONDA_PREFIX环境变量来定位目录。另一个问题是 share/homer/目录似乎是特定于版本的。例如，我看到 share/homer-4.11-0 .只要只有一个——我认为这是一个公平的假设——你应该能够逃脱:

perl $CONDA_PREFIX/share/homer*/configureHomer.pl -install hg19