R:如何显示群集矩阵热图(将相似的颜色模式进行分组)

Question

我在整个站点和软件包中搜索了很多有关热图的问题，但仍然有问题。

我有集群数据(kmeans/EM/DBscan ..)，我想通过对同一集群进行分组来创建热图。我希望将相似的颜色模式归入热图，因此通常看起来像是块对角线。
我试图按簇号排序数据并显示它，

k = kmeans(data, 3)
d = data.frame(data)
d = data.frame(d, k$cluster)
d = d[order(d$k.cluster),]
heatmap(as.matrix(d))

，但它仍然没有排序，看起来像这样的链接:但是，我希望它按其簇号排序，看起来像这样:
我可以在R中执行此操作吗？
我搜索了很多软件包，并尝试了许多方法，但是仍然存在问题。
非常感谢。

Answer 1

您可以使用reshape2和ggplot2做到这一点，如下所示:

library(reshape2)
library(ggplot2)

# Create dummy data
set.seed(123)
df <- data.frame(
        a = sample(1:5, 1000, replace=TRUE),
        b = sample(1:5, 1000, replace=TRUE),
        c = sample(1:5, 1000, replace=TRUE)
)

# Perform clustering
k <- kmeans(df, 3)

# Append id and cluster
dfc <- cbind(df, id=seq(nrow(df)), cluster=k$cluster)

# Add idsort, the id number ordered by cluster 
dfc$idsort <- dfc$id[order(dfc$cluster)]
dfc$idsort <- order(dfc$idsort)

# use reshape2::melt to create data.frame in long format
dfm <- melt(dfc, id.vars=c("id", "idsort"))

ggplot(dfm, aes(x=variable, y=idsort)) + geom_tile(aes(fill=value))