hdf5 - h5py 是否能够自动将 python 字典转换为 hdf5 组？

Question

我一直在使用 scipy.io 来保存我的结构化数据(用不同形状的 ndarray 填充的列表和字典)。由于 v7.3 mat 文件有一天会取代旧的 v7 mat 格式，我正在考虑切换到 HDF5 来存储我的数据，更具体地说是用于 python 的 h5py。但是，我注意到我不能像以下那样简单地保存字典:

import scipy.io as sio
data = {'data': 'Complicated structure data'}
sio.savemat('fileName.mat', data)

相反，我必须一一使用 h5py.create_group 来复制python字典中的结构。对于非常大的结构，这是不可行的。有没有一种简单的方法可以自动将 python 字典转换为 hdf5 组？

谢谢!

-肖恩

Answer 1

我需要一直做这种事情，并决定制作一个 hdf5 版本的泡菜会很好:
https://github.com/telegraphic/hickle

动机是存储 numpy 数组的 python 字典，这听起来像你所追求的:

import hickle as hkl
import numpy as np
data = {
        'dataset1' : np.zeros((100,100)),
        'dataset2' : np.random.random((100,100))
        }
hkl.dump(data, 'output_filename.hkl')

您应该能够通过 PyPi(pip install hickle)安装它，或者从 github 下载它。

干杯
丹尼