r - 在igraph中按簇折叠图

Question

我想将图折叠到其各自的社区/集群中。让我用下面的玩具示例来说明这一点:

set.seed(123)

#toy graph
g <- barabasi.game(10) %>%
  as.undirected()

#identify communities 
c_g <- fastgreedy.community(g) 

如下图所示，共有三个社区。



我想减少顶点的折叠，以使结果图中的顶点对应于先前顶点的隶属关系。参见图表。



我是 igraph包的新手，我不熟悉处理 igraph对象的最佳方法。

Answer 1

您可以尝试contract:

library(igraph)
set.seed(123)
g <- barabasi.game(10) %>% as.undirected()
c_g <- fastgreedy.community(g) 
V(g)$name <- letters[1:vcount(g)]

g2 <- contract(g, membership(c_g), vertex.attr.comb=toString)

par(mfrow=c(1,2))
plot(g, vertex.color=membership(c_g))
plot(simplify(g2), vertex.color=1:vcount(g2))