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我有一个自定义函数,可以生成散点图,拟合 OLS 模型,然后绘制具有 95% CI 带的最佳拟合线。这很有效,但我想记录数据并将绘图的轴更改为原始数据的对数缩放版本(这很容易使用'plot'函数的内置'log'参数来改变绘图轴 - log =“xy”)。问题是,CI 和回归线的绘制基于(记录的)数据的比例,在这种情况下,数据的范围在大约 0 到 2 之间,而绘图的轴的范围从大约 0 到 200 . 因此,CI 和回归线在图中不可见。
我似乎无法找到一种方法来改变 CI 和回归线以适应记录的绘图,或者手动改变绘图轴以使用 log="xy"进行模拟。
要明白我的意思,您可以将 plot 函数的开头更改为:
plot(X, Y, log="xy", ...)
# data
X <- c(33.70, 5.90, 71.50, 77.90, 71.50, 35.80, 12.30, 9.89, 3.93, 5.85, 97.50, 12.30, 3.65, 5.21, 3.9, 42.70, 5.34, 3.60, 2.30, 5.21)
Y <- c(1.98014, 2.26562, 3.53037, 1.08090, 0.95108, 3.00287, 0.81037, 1.63500, 1.16741, 2.54356, 1.23395, 2.36248, 3.46605, 2.39903, 2.85762, 1.69053, 2.05721, 2.34771, 0.82934, 2.92457)
group <- c("C", "F", "B", "A", "B", "C", "D", "E", "G", "F", "A", "G", "H", "I", "D", "I", "J", "J", "H", "E")
group <- as.factor(group)
# this works, but does not have log scaled axis
LM <- function(Y, X, group){
lg.Y <- log10(Y)
lg.X <- log10(X)
fit <- lm(lg.Y ~ lg.X)
summ <- summary(fit)
stats <- unlist(summ[c('r.squared', 'adj.r.squared', 'fstatistic')])
# increase density of values to predict over to increase quality of curve
xRange <- data.frame( lg.X=seq(min(lg.X), max(lg.X), (max(lg.X)-min(lg.X))/1000) )
# get confidence intervals
model.ci <- predict(fit, xRange, level=0.95, interval="confidence")
# upper and lower ci
ci.u <- model.ci[, "upr"]
ci.l <- model.ci[, "lwr"]
# create a 'loop' around the x, and then y, values. Add values to 'close' the loop
X.Vec <- c(xRange$lg.X, tail(xRange$lg.X, 1), rev(xRange$lg.X), xRange$lg.X[1])
Y.Vec <- c(ci.l, tail(ci.u, 1), rev(ci.u), ci.l[1])
# plot
plot(lg.X, lg.Y, # add log="xy" here and use unlogged X, Y
pch=as.numeric(group), col=as.numeric(group),
ylab=paste("log10(", deparse(substitute(Y)), ")", sep=""),
xlab=paste("log10(", deparse(substitute(X)), ")", sep=""),
panel.first=grid(equilogs=FALSE) )
# Use polygon() to create the enclosed shading area
# We are 'tracing' around the perimeter as created above
polygon(X.Vec, Y.Vec, col=rgb(0.1, 0.1, 0.1, 0.25), border=NA) # rgb is transparent col="grey"
# Use matlines() to plot the fitted line and CI's
# Add after the polygon above so the lines are visible
matlines(xRange$lg.X, model.ci, lty=c(1, 2, 2), type="l", col=c("black", "red", "red"))
# legend
savefont <- par(font=3)
legend("bottomright", inset=0, legend=as.character(unique(group)), col=as.numeric(unique(group)),
pch=as.numeric(unique(group)), cex=.75, pt.cex=1)
par(savefont)
# print stats
mtext(text=paste("R^2 = ", round(summ$r.squared, digits=2), sep=""), side=1, at=1, cex=.7, line=2, col="red")
mtext(text=paste("adj.R^2 = ", round(summ$adj.r.squared, digits=2), sep=""), side=1, at=1.5, cex=.7, line=2, col="red")
list(model.fit=fit, summary=summ, statistics=stats)}
# call
LM(Y, X, group)
最佳答案
只需对模型拟合和 CI 取幂。更改代码的关键行是:
...
X.Vec <- 10^c(xRange$lg.X, tail(xRange$lg.X, 1), rev(xRange$lg.X), xRange$lg.X[1])
Y.Vec <- 10^c(ci.l, tail(ci.u, 1), rev(ci.u), ci.l[1])
..
matlines(10^xRange$lg.X, 10^model.ci, lty=c(1, 2, 2), type="l", col=c("black", "red", "red"))
...
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