bioinformatics - NCBI基因数据库问题

Question

我正在尝试查找带有基因名和染色体位置的gene_info 文件。但是，我似乎无法在 NCBI FTP 站点上找到它。谁能给我指点？

Answer 1

见:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README有关 NCBI ftp 站点上哪些文件的详细信息。

如果您想从 NCBI 本身获取数据，您将需要组合多个文件，可能是一个gene2accession(还包括位置信息)和一个将ids映射到符号和名称等的gene_info文件。

访问 UCSC 站点获取此信息可能更方便，如果您想探索可用的信息，它们还提供公共(public) mysql 数据库:
http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html

如果您只需要人类、小鼠或大鼠数据，那么 Rat Genome Database已经编译了您想要的数据(来自 NCBI 和 Ensembl 来源的新数据):
ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

例如对于人类数据，请查看:ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/GENES_HUMAN.txt