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bioinformatics - 按 GC 内容分箱序列读取

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 06:42:52 25 4
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<分区>

我想“合并”(拆分成单独的文件)一个多 fasta 核苷酸序列文件(例如,Roche-454 运行 ~500,000 次读取,平均读取长度为 250bp)。我想要基于每次读取的 GC 内容的垃圾箱。结果输出将是 8 个 multi-fasta 文件:

<20% GC含量

21-30% GC 含量

31-40% GC含量

41-50% GC 含量

51-60% GC 含量

61-70% GC 含量

71-80% GC含量

>80% GC含量

有没有人知道已经执行此操作的脚本或程序?如果没有,有人可以建议如何根据 GC 内容对 multi-fasta 文件进行排序(然后我可以将其拆分到相关的 bin 中)?

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