r - 在 ggbiplot 中指定箭头(线段)的颜色、透明度和位置

Question

我正在创建一个包含多变量数据的 PCA 双图。

有没有办法在 ggbiplot 中指定线段的颜色/透明度/位置？此命令的所有参数均未提供此选项。

我知道 ggbiplot 是基于 ggplot - 它可能接受 aes 参数吗？或者可以在创建的绘图上使用一层颜色/透明度/位置来覆盖默认值吗？

具体来说，关于位置，如果可能的话，我想对线段进行抖动(尽管使它们更透明可能已经解决了问题)。

工作示例，使用 iris 数据:

#load required packages
library(ggplot2)
library(devtools)
library(ggbiplot)

#load dataset
data(iris)

#perform principal component analysis
pca = prcomp(iris[ , 1:4], scale=T)

#define classes, generate & view PCA biplot
class = iris$Species
ggbiplot(pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = class, circle = FALSE, 
         varname.size = 1, varname.adjust = 6)

非常感谢 - 感谢任何帮助!

亲切的问候。

Answer 1

看来你需要稍微改变一下ggbiplot函数。在控制台中输入 ggbiplot，将代码复制到编辑器中。在 function 的 arglist 中，为箭头添加颜色、线型和透明度(“alpha”)的“name = expression”术语。

ggbiplot2 <- function (pcobj, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot = TRUE, 
          obs.scale = 1 - scale, var.scale = scale, groups = NULL, 
          ellipse = FALSE, ellipse.prob = 0.68, labels = NULL, labels.size = 3, 
          alpha = 1, var.axes = TRUE, circle = FALSE, circle.prob = 0.69, 
          varname.size = 3, varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE, 
          color = muted("red"), # <- add new arguments to the function
          linetype = "solid",
          alpha_arrow = 1) 

然后搜索 geom_segment 部分，并为 color、linetype 和 alpha 添加参数:

g <- g + geom_segment(data = df.v, aes(x = 0, y = 0, xend = xvar, yend = yvar),
                      arrow = arrow(length = unit(1/2, "picas")),
                      color = color, linetype = linetype, alpha = alpha_arrow)

将已编辑的功能分配给新名称，例如ggbiplot2。试试吧，你可以在其中设置箭头的默认值以外的值:

ggbiplot2(pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = class, circle = F, varname.size = 1, varname.adjust = 6,
color = "blue", linetype = "dashed", alpha_arrow = 0.5) # <- use the new arguments