r - ExpressionSet (ESet) 用 NA 删除条目

Question

我试图从 ESet 中排除我所有的样本，这些样本对于 10 个表型之一没有条目:

我有一个包含 50 个样本和 10 个表型的 ESet。 sample A 在表型 1 中含有 NA，在表型 3 中含有 sample B。所以我想删除 ESet 中的 A 和 B。

I try: apply(ESest@pData@data,1,function(i){if(is.na(i)){???}}

对不起，但我不知道;(

Answer 1

正如上次所说，请使用正确的 getter 和 setter 方法来获取您想要的数据。在这种情况下，它将是:

ESet[rowSums(is.na(pData(ESet)))==0,]

pData()为您提供带有 phenodata 的数据框，并根据条件检查 pData 数据框中的任何行是否包含 NA。