r - 如何使用 ggplot2 绘制重叠范围

Question

我正在努力解决ggplot2 .特别是，我试图找出是否有更好(更优雅、更简单)的方式来创建 Bioconductor 中的绘图。 IRanges包装小插图(找到 here，第 12 页上的图，第 11 页上的代码)。



在小插图中，情节是用以下代码生成的:

plotRanges <- function(x, xlim = x, main = deparse(substitute(x)),
+ col = "black", sep = 0.5, ...) +{
+ height <- 1
+   if (is(xlim, "Ranges"))
+     xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))
+   bins <- disjointBins(IRanges(start(x), end(x) + 1))
+ plot.new()
+   plot.window(xlim, c(0, max(bins)*(height + sep)))
+   ybottom <- bins * (sep + height) - height
+   rect(start(x)-0.5, ybottom, end(x)+0.5, ybottom + height, col = col, ...)
+   title(main)
+ axis(1) +}

ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40),
+   width = c(12, 6, 6, 15, 6, 2, 7))

plotRanges(ir)

堆叠条形是通过绘制矩形创建的，并且必须计算每个矩形的角点、高度和宽度这一事实让我觉得不是很优雅， ggplot2有更优雅的方式来做到这一点吗？我知道“优雅”不是一个非常精确的描述，但我希望你明白我的意思(如果不是，我会尽量解释得更好)。

Answer 1

这是一种使用 ggplot2 生成类似图的方法.我使用了IRanges的示例数据.

library(IRanges)   

# example data
ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40),
              width = c(12, 6, 6, 15, 6, 2, 7))
# IRanges of length 7
#     start end width
# [1]     1  12    12
# [2]     8  13     6
# [3]    14  19     6
# [4]    15  29    15
# [5]    19  24     6
# [6]    34  35     2
# [7]    40  46     7    

bins <- disjointBins(IRanges(start(ir), end(ir) + 1))
# [1] 1 2 1 2 3 1 1

dat <- cbind(as.data.frame(ir), bin = bins)

library(ggplot2)
ggplot(dat) + 
         geom_rect(aes(xmin = start, xmax = end,
                       ymin = bin, ymax = bin + 0.9)) +
  theme_bw()