visualization - 如何使用 pymol 选择原子？

Question

我不确定这是否是要问的正确网页...

我有一个生成的 xyz 文件:

   C   0   0   0
   O   0   0   0.1
   O   0   0   0.2
   C   0   0   0.6
   O   0   0   0.5
   O   0   0   0.4
   .
   .
   .

如何在命令行中选择特定原子或测量两个原子之间的距离(pymol)？

Answer 1

pymol select命令在此处详细描述:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Property_Selectors

在您的情况下，要选择某些原子，您可以使用:

select C_atoms, name C # select all C atoms and name the selection C_atoms
select atom_4, id 4    # select the 4th atom in the file and name it atom_4
select idx_4, index 4  # 
select rank_4, rank 4  # 

至于 rank, ID, index的区别对于原子，见

http://www.mail-archive.com/pymol-users@lists.sourceforge.net/msg08503.html