r - 我应该在哪里设置 R 中的变量 PATH？

Question

我经常需要调用 Tex Live 二进制文件在 R 中进行编译。但是在 Tex Live 发行版升级后，当前二进制文件的路径需要在 PATH 中手动更新。 ( Sys.getenv("PATH") ) 变量。

作为 Ubuntu 系统上的单个用户，我应该更新哪个文件中的值，以便 R 获得 PATH无论从哪个目录 R 启动，都正确。

我还没有收集到的一点是来自哪里R获取它的站点范围(我的意思是所有用户，即使这样说是错误的)PATH变量集，因为在“R_HOME/etc/”和用户主目录中的任何文件(Renviron、Renviron.site、Rprofile.site)中都没有出现“PATH”这样的变量名？我也没有设置Sys.getenv("R_ENVIRON")和 Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")值。

我很感激这里的任何人的意见。

Answer 1

@JeffreyGoldberg 的解决方案很接近，但不太正确。
Rprofile文件被解释为 R 代码Renviron文件只能包含名称值对，并且是 不是 解释为 R 代码

从启动帮助:

Note that there are two sorts of files used in startup: environment files which contain lists of environment variables to be set, and profile files which contain R code.

我不确定这个问题是否专门询问如何设置 全站 PATH 的值, 而不是 PATH对于一个特定用户，但您可以在三个位置放置这些文件。

项目目录(即您选择从中启动 R 的目录)

HOME

R_HOME/etc

这些位置按上面编号的顺序进行搜索。第一个位置可以包含特定于项目的配置，第二个包含特定于用户的配置，第三个是站点范围的配置设置。当找到一个文件时，它会被使用，所以本地优先于全局。不要认为您可以创建一个更具体的版本来简单地更新您在更通用的配置文件中所做的事情。 R_HOME/etc/Renviron在安装时创建，不应编辑。您可以创建一个名为 R_HOME/etc/Renviron.site 的文件。 ，但不要编辑 R_HOME/etc/Renviron .

要创建 PATH 的站点范围值，您需要将其设置在 R_HOME/etc 中的文件中。 .在这里您可以使用 Renviron.site或 Rprofile.site为文件名。对于 R_HOME/etc 中的文件, 请勿使用 Renviron , Rprofile , .Renviron , 或 .Rprofile用于此位置中的配置文件或环境文件的名称。您可以使用 R.home() 找出 R session 中的 R_HOME 是什么。 , 或 Sys.getenv("R_HOME")
要为单个用户创建 PATH 值，请将其设置在 HOME 中的文件中。 ，您可以使用 Sys.getenv("HOME") 在 R session 中找到它或 path.expand("~") .您也可以直接使用“~”来引用 HOME .这里，Renviron 文件应该是 ~/.Renviron和一个 Rprofile 文件 ~/.Rprofile .请注意您的 HOME 中配置文件和环境文件的命名方式之间的区别。目录对比 R_HOME/etc
要为单个项目创建 PATH，请将其设置在该项目顶级目录中的文件中。将文件命名为您在主目录中的名称( .Rprofile 或 .Renviron )。

如果您要创建 Renviron 文件，该文件应包含以下行:

PATH=<your path>

<和 >不应该包括在内。一个例子是:

PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

如果要创建 Rprofile 文件，该文件应包含以下行:

Sys.setenv("<your path>")

同样，不要包含“<”或“>”。一个例子是:

Sys.setenv("/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin")

有多种方法可以获取和编辑 PATH 变量(例如，在末尾或开头添加新路径)。如果环境变量尚不存在和/或不包含您想要的内容，您还可以使用设置环境变量的策略。我开始更喜欢简单地设置我的路径，然后直接编码。

最后一点，如果你运行 R从命令行界面，环境变量可以从您的 shell 继承。 RStudio 也有它自己的启动顺序，并且可能会修改 PATH 变量的末尾。它应该按照在 Rprofile 或 Renviron 文件中定义的方式开始。 R Console 应用程序本身具有最少的系统环境变量怪癖，并且应该完全按照使用 Rprofile 或 Renviron 文件设置的方式接受您的路径。