r - 打印序列对齐到文件

Question

我使用 Bioconductor 中的 Biostrings 包中的 pairwiseAlignment 进行了简单的成对 DNA 序列比对:

library('Biostrings')
seq1 = 'ATGCTA'
seq2 = 'ATGTA'
pairwiseAlignment(pattern = seq1, subject = seq2)

输出如下所示:

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] ATGCTA 
subject: [1] ATG-TA 
score: -4.091219 

对于很长的序列，输出被截断，只显示一行:

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] AT-------------------------------------------------...----------------TGTCTTCCAKATCTGGCGCGCCTGGGTTGATATC 
subject: [1] ATTGGCGGCCGCGCCACCATGCCAGAGCCAGCGAAGTCTGCTCCCGCCCCG...GAAGGCTGTATGCTGTTGTCTTCAAGATCTGGTACCGCTGGGTTGATATC 
score: -29418.8

如何将完整的对齐方式输出到文本文件？

Answer 1

这是生物导体邮件列表上讨论的链接。到目前为止，还没有简单的方法来打印格式化的对齐方式，但也许值得实现。

https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-April/044904.html