jags - jags/bugs 的 emacs 语法高亮

Question

是否有颜色突出显示锯齿和错误模型文件的软件包？我安装了 ESS，但它似乎无法识别开箱即用的 .bug 文件或 jags/bugs 语法。

Answer 1

语法高亮

我正在使用 ESS 5.14(来自 ELPA)，语法高亮或智能下划线对我来说适用于 GNU Emacs 24.1.1。如果要突出显示给定文件，可以尝试 M-x ess-jags-mode或添加一个钩子(Hook)以每次突出显示 JAGS 文件，例如

(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.jag\\'" . jags-mode))

但是，这并不是真正需要的，因为您可以简单地

(require 'ess-jags-d)

在您的 .emacs . BUGS 文件有相应的模式。此文件已包含在早期版本(至少 5.13)中，并附带相应的 auto-mode-alist (对于 "\\.[jJ][aA][gG]\\'" 扩展)。
(请注意，似乎存在 subtle issue 同时使用 JAGS 和 BUGS，但我不能说更多，因为我只使用 JAGS。)

运行命令文件

如果您想坚持使用 Emacs 来运行 JAGS(即，而不是 rjags 或其他 JAGS/BUGS 的 R 接口(interface))，只需要知道一个命令:
如 ESS manual 中所述, 在处理命令文件时， C-c C-c应该创建一个 .jmd文件，然后 C-c C-c 'ing 应该把这个命令文件提交给 Emacs *shell* (在新缓冲区中)，并调用 jags在批处理模式下。在内部，此命令绑定(bind)到“下一步操作”指令 ( ess-*-next-action)。例如，使用 JAGS 示例文件附带的鼠标数据，您应该得到 mice.jmd看起来像这样:

model in "mice.jag"
data in "mice.jdt"
compile, nchains(1)
parameters in "mice.in1", chain(1)
initialize
update 10000
update 10000
#
parameters to "mice.to1", chain(1)
coda \*, stem("mice")
system rm -f mice.ind
system ln -s miceindex.txt mice.ind
system rm -f mice1.out
system ln -s micechain1.txt mice1.out
exit
Local Variables:
ess-jags-chains:1
ess-jags-command:"jags"
End:

注意默认文件名!这里假设数据在文件 mice.jdt 中。 mice.in1 中的参数和初始值.如果需要，您可以在 Emacs 缓冲区中更改它，以及修改要使用的链数。