r - 创建密度图时出错

Question

我想创建 45 个样本的密度图，但由于缺少值，某些样本将无法形成密度。我遇到的错误是

Error in density.default(assayData(data.lair)$lair.predicted[, i], na.rm = TRUE) : need at least 2 points to select a bandwidth automatically

有人知道如何在函数中解决此错误。

数据的名称被提取到位列表:

c("00_11242T1.bmp", "00_7T.bmp", "01_677T.bmp", "106T.bmp", "106TV.bmp", 
"108T.bmp", "108TV.bmp", "124T.bmp", "124TV.bmp", "40T.bmp", 
"4497T.bmp", "44T.bmp", "44TV.bmp", "511T.bmp", "511TV.bmp", 
"514T.bmp", "514TV.bmp", "56T.bmp", "92_11145T.bmp", "94_10917T1.bmp", 
"95_549T.bmp", "97_12714T1.bmp", "97_7999T.bmp", "97_8073T2.bmp", 
"99_2221T.bmp", "99_6669T.bmp", "99_7417T1.bmp", "99_7417T2.bmp", 
"R01_80418T2.bmp", "R01_81197T.bmp", "R02_80456T2.bmp", "R03_80356T.bmp", 
"R03_80586T.bmp", "R04_80227T.bmp", "R04_80577T.bmp", "R04_80584T.bmp", 
"R04_81371T.bmp", "R04_81372T1.bmp", "R04_81449T.bmp", "R05_80479T.bmp", 
"R05_80481T.bmp", "R05_80611T.bmp")

我正在使用的功能:

for( i in (1:ncol(data.lair))) {
  bmp(filename = bitlist[i], width = 1200, height = 1200, units = "px",bg = "white")
  par(mfrow=c(1,2))
  plot(density(assayData(data.lair)$lair.predicted[,i],na.rm=TRUE),main = bitlist[i])
  plot(density(assayData(data.lair)$predicted[,i],na.rm=TRUE),main = bitlist[i])
  cat(i,"\n")
  dev.off()
}

数据可以在这里下载:
DATA

Answer 1

获得的错误消息是由包含的值不足的向量引起的。在您的数据中，一些向量包含 NA只有。

例如，索引的第二个值:

i <- 2
dat <- assayData(data.lair)$lair.predicted[ , i]
any(!is.na(dat))
# [1] FALSE

如果不为这些向量创建密度图，则可以运行循环。检查向量是否包含足够数量的数据点。这是您的代码的稍微修改版本:

for( i in (1:ncol(data.lair))) {
  bmp(filename = bitlist[i], width = 1200, height = 1200, units = "px",bg = "white")
  if (sum(!(is.na(assayData(data.lair)$lair.predicted[,i]))) > 1) {
    par(mfrow=c(1,2))
    plot(density(assayData(data.lair)$lair.predicted[,i],na.rm=TRUE))  
  } 
  plot(density(assayData(data.lair)$predicted[,i],na.rm=TRUE))  
  cat(i,"\n")
  dev.off()
}

在某些情况下，您将仅获得循环中第二个向量的密度图。