perl - 如何使用 Perl 将此输出转换为此表格格式？

Question

我有这个输出数据:

10dvex1_miRNA_ce.out.data|3331
10dvex1_misc_RNA_ce.out.data|0
10dvex1_rRNA_ce.out.data|60
10dvex1_snoRNA_ce.out.data|895
10dvex1_snRNA_ce.out.data|2127
11dvex1_miRNA_ce.out.data|3367
11dvex1_misc_RNA_ce.out.data|0
11dvex1_rRNA_ce.out.data|54
11dvex1_snoRNA_ce.out.data|839
11dvex1_snRNA_ce.out.data|1770
12dvex1_miRNA_ce.out.data|3321
12dvex1_misc_RNA_ce.out.data|0
12dvex1_rRNA_ce.out.data|50
12dvex1_snoRNA_ce.out.data|854
12dvex1_snRNA_ce.out.data|1821

我想以这种格式转换此输出，如表格:

`Fragment \t miRNA \t misc_RNA \t rRNA \t snRNA \t snoRNA`
 10 \t 3331 \t 0 \t 60 \t 2127 \ 895 \n
 11 \t 3367 \t 0 \t 54 \t 1770 \t 839 \n
 12 \t 3321 \t 0 \t 50 \t 1821 \t 854 \n

我需要使用这张表作为 R 的输入。一些想法？我用这个脚本尝试使用 perl，但结果并不好:

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

open(MYINPUTFILE, $ARGV[0]); # open for input
my @lines = <MYINPUTFILE>; # read file into list
print "Frag"."\t"."miRNA"."\t"."misc_RNA"."\t"."rRNA"."\t"."snRNA"."\t"."snoRNA"."\n";
foreach my $lines (@lines){
    my $pattern = $lines;
    $pattern =~ s/(.*)dvex\d_(.*)_(.*)\|(.*)/$1 $2  $4/g;
    print $1."\t".$4;
}
close(MYINPUTFILE);
exit;

结果:

Frag    miRNA   misc_RNA    rRNA    snRNA   snoRNA
10  333110  010 6010    89510   212711  336711  011 5411    83911   177012  332112  012 5012

是不是这个想法。

Answer 1

此代码有效。当片段编号改变时它会换行。它假定数据的顺序始终与标题的顺序一致。

open(MYINPUTFILE, $ARGV[0]); # open for input
my @lines = <MYINPUTFILE>; # read file into list
print "Frag"."\t"."miRNA"."\t"."misc_RNA"."\t"."rRNA"."\t"."snRNA"."\t"."snoRNA";
my $frag = '';
foreach my $line (@lines){
    if ( $line =~ /^(\d+)dvex.*\|(\d+)/ ) {
        my $fr = $1;
        if ( $fr ne $frag ) {
            print "\n$fr";
            $frag = $fr;
        }
        print "\t".$2;
    }
}
print "\n";
close(MYINPUTFILE);
exit;

输出看起来像:

Frag    miRNA   misc_RNA        rRNA    snRNA   snoRNA
10      3331    0       60      895     2127
11      3367    0       54      839     1770
12      3321    0       50      854     1821