r - 表 R 中的选择/排序值

Question

我在 R 中使用以下数据集进行代谢组学研究。

first Name      Area    Sample Similarity

120   Pentanone 699468  PO4:1   954

120   Pentanone 153744  PO2:1   981

126   Methylamine 83528 PO4:1   887

126   Unknown     32741 PO2:1   645

126   Sulfurous 43634   PO1:1   800

我希望能够在具有相同值(例如 120)的行中的第一列中选​​择具有相同名称的化合物(例如戊酮)。从这个选择中，我想复制对应于最高相似度的行信息并在表中创建新列。在这种情况下，以下信息:

120 Pentanone   153744  PO2:1   981

我知道“向我发送代码帖子”不是很受欢迎，我非常感谢一些关于如何开始的线索。

Answer 1

你可以使用 plyr 包:

我复制你的数据(下次尝试使用 dput(dat))

dat <- read.table(text ='first Name      Area    Sample Similarity
120   Pentanone 699468  PO4:1   954
120   Pentanone 153744  PO2:1   981
126   Methylamine 83528 PO4:1   887
126   Unknown     32741 PO2:1   645
126   Sulfurous 43634   PO1:1   800',header=TRUE)

1. 我将我的 data.frame 按(名字和姓名)拆分
2. 我为每组行应用函数

3. 我在一个新的 data.frame 中聚合

   library(plyr)   
   ddply(dat,.(first,Name),function(x) x[x$Similarity==max(x$Similarity),])
   
   
   
   first        Name   Area Sample Similarity
   1   120   Pentanone 153744  PO2:1        981
   2   126 Methylamine  83528  PO4:1        887
   3   126   Sulfurous  43634  PO1:1        800
   4   126     Unknown  32741  PO2:1        645