scikit-learn - sklearn中的聚集聚类

Question

我有一些数据，还有这些数据点的成对距离矩阵。我想使用聚集聚类对其进行聚类。我读到在sklearn中，我们可以将“预先计算”为亲和力，我希望它是距离矩阵。但是我找不到任何使用预先计算的亲和力和自定义距离矩阵的示例。
任何帮助将不胜感激。

Answer 1

让我们将距离矩阵称为D。

agg = AgglomerativeClustering(n_clusters=5, affinity='precomputed', linkage = 'average')
agg.fit_predict(D)  # Returns class labels.

如果您对生成整个层次结构并生成树状图感兴趣，请使用 scikit-learn的API包装 scipy hierarchical clustering code。只需直接使用 scipy代码。