- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我的环境:
我在带有 Ubuntu 14.04 的 4 个 g2.2xlarge 实例的小型 AWS EC2 集群上使用 Hortonworks HDP 2.4 和 Spark 1.6.1。每个实例都有 CUDA 7.5、Anaconda Python 3.5 和 Pycuda 2016.1.1。
在/etc/bash.bashrc 我已经设置:
CUDA_HOME=/usr/local/cuda
CUDA_ROOT=/usr/local/cuda
PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin
16/11/10 22:34:54 INFO ExecutorAllocationManager: Requesting 13 new executors because tasks are backlogged (new desired total will be 17)
16/11/10 22:34:57 INFO TaskSetManager: Starting task 16.0 in stage 2.0 (TID 34, ip-172-31-26-35.ec2.internal, partition 16,RACK_LOCAL, 2148 bytes)
16/11/10 22:34:57 INFO BlockManagerInfo: Added broadcast_3_piece0 in memory on ip-172-31-26-35.ec2.internal:54657 (size: 32.2 KB, free: 511.1 MB)
16/11/10 22:35:03 WARN TaskSetManager: Lost task 0.0 in stage 2.0 (TID 18, ip-172-31-26-35.ec2.internal): org.apache.spark.api.python.PythonException: Traceback (most recent call last):
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pytools/prefork.py", line 46, in call_capture_output
popen = Popen(cmdline, cwd=cwd, stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 947, in __init__
restore_signals, start_new_session)
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 1551, in _execute_child
raise child_exception_type(errno_num, err_msg)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'nvcc'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/hadoop/yarn/local/usercache/ubuntu/appcache/application_1478814770538_0004/container_e40_1478814770538_0004_01_000009/pyspark.zip/pyspark/worker.py", line 111, in main
process()
File "/hadoop/yarn/local/usercache/ubuntu/appcache/application_1478814770538_0004/container_e40_1478814770538_0004_01_000009/pyspark.zip/pyspark/worker.py", line 106, in process
serializer.dump_stream(func(split_index, iterator), outfile)
File "/usr/hdp/2.4.2.0-258/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/rdd.py", line 2346, in pipeline_func
File "/usr/hdp/2.4.2.0-258/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/rdd.py", line 2346, in pipeline_func
File "/usr/hdp/2.4.2.0-258/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/rdd.py", line 317, in func
File "/home/ubuntu/pycuda-euler/src/cli_spark_gpu.py", line 36, in <lambda>
hail_mary = data.mapPartitions(lambda x: ec.assemble2(k, buffer=x, readLength = dataLength,readCount=dataCount)).saveAsTextFile('hdfs://172.31.26.32/genome/sra_output')
File "./eulercuda.zip/eulercuda/eulercuda.py", line 499, in assemble2
lmerLength, evList, eeList, levEdgeList, entEdgeList, readCount)
File "./eulercuda.zip/eulercuda/eulercuda.py", line 238, in constructDebruijnGraph
lmerCount, h_kmerKeys, h_kmerValues, kmerCount, numReads)
File "./eulercuda.zip/eulercuda/eulercuda.py", line 121, in readLmersKmersCuda
d_lmers = enc.encode_lmer_device(buffer, partitionReadCount, d_lmers, readLength, lmerLength)
File "./eulercuda.zip/eulercuda/pyencode.py", line 78, in encode_lmer_device
""")
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pycuda/compiler.py", line 265, in __init__
arch, code, cache_dir, include_dirs)
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pycuda/compiler.py", line 255, in compile
return compile_plain(source, options, keep, nvcc, cache_dir, target)
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pycuda/compiler.py", line 78, in compile_plain
checksum.update(preprocess_source(source, options, nvcc).encode("utf-8"))
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pycuda/compiler.py", line 50, in preprocess_source
result, stdout, stderr = call_capture_output(cmdline, error_on_nonzero=False)
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pytools/prefork.py", line 197, in call_capture_output
return forker[0].call_capture_output(cmdline, cwd, error_on_nonzero)
File "/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pytools/prefork.py", line 54, in call_capture_output
% ( " ".join(cmdline), e))
pytools.prefork.ExecError: error invoking 'nvcc --preprocess -arch sm_30 -I/home/ubuntu/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pycuda/cuda /tmp/tmpkpqwoaxf.cu --compiler-options -P': [Errno 2] No such file or directory: 'nvcc'
at org.apache.spark.api.python.PythonRunner$$anon$1.read(PythonRDD.scala:166)
at org.apache.spark.api.python.PythonRunner$$anon$1.<init>(PythonRDD.scala:207)
at org.apache.spark.api.python.PythonRunner.compute(PythonRDD.scala:125)
at org.apache.spark.api.python.PythonRDD.compute(PythonRDD.scala:70)
at org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(RDD.scala:313)
at org.apache.spark.rdd.RDD.iterator(RDD.scala:277)
at org.apache.spark.rdd.MapPartitionsRDD.compute(MapPartitionsRDD.scala:38)
at org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(RDD.scala:313)
at org.apache.spark.rdd.RDD.iterator(RDD.scala:277)
at org.apache.spark.rdd.MapPartitionsRDD.compute(MapPartitionsRDD.scala:38)
at org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(RDD.scala:313)
at org.apache.spark.rdd.RDD.iterator(RDD.scala:277)
at org.apache.spark.scheduler.ResultTask.runTask(ResultTask.scala:66)
at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:89)
at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:214)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1142)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:617)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
最佳答案
为了结束这个循环,我终于解决了这个问题。
注:我知道这对大多数人来说并不是一个好的或永久的答案,但是在我的情况下,我正在为我的论文运行 POC 代码,一旦我得到一些最终结果,我就会停用服务器。我怀疑这个答案是否适合或适合大多数用户。
我最终将 nvcc 的完整路径硬编码到 Pycuda 的 compiler.py 文件中的 compile_plain() 中。
部分上市:
def compile_plain(source, options, keep, nvcc, cache_dir, target="cubin"):
from os.path import join
assert target in ["cubin", "ptx", "fatbin"]
nvcc = '/usr/local/cuda/bin/'+nvcc
if cache_dir:
checksum = _new_md5()
关于apache-spark - 在 PySpark 中使用 Pycuda - 未找到 nvcc,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/40440749/
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!