r - 如何从包含n * NA的数据框中删除行

Question

我有许多大型数据集，共有〜10列和〜200000行。并非所有列都包含每一行的值，尽管至少一列必须包含要存在的行的值，但我想为行中允许的NA设置一个阈值。

我的数据框看起来像这样:

 ID q  r  s  t  u  v  w  x  y  z
 A  1  5  NA 3  8  9  NA 8  6  4
 B  5  NA 4  6  1  9  7  4  9  3 
 C  NA 9  4  NA 4  8  4  NA 5  NA
 D  2  2  6  8  4  NA 3  7  1  32 

我希望能够删除包含2个以上包含NA的单元格的行以获取

ID q  r  s  t  u  v  w  x  y  z
 A 1  5  NA 3  8  9  NA 8  6  4
 B 5  NA 4  6  1  9  7  4  9  3 
 D 2  2  6  8  4  NA 3  7  1  32 

complete.cases删除包含任何 NA的所有行，并且我知道可以删除某些列中包含 NA的行，但是有一种方法可以对其进行修改，以使它不确定包含 NA的列，但是总共有多少呢？

或者，通过使用以下方法合并几个数据框来生成此数据框

    file1<-read.delim("~/file1.txt")
    file2<-read.delim(file=args[1])

    file1<-merge(file1,file2,by="chr.pos",all=TRUE)

也许合并功能可以更改？

谢谢

Answer 1

使用rowSums。要从数据框架(df)中删除正好包含n个NA值的行，请执行以下操作:

df <- df[rowSums(is.na(df)) != n, ]

或删除包含n个或更多 NA值的行:

df <- df[rowSums(is.na(df)) < n, ]

在两种情况下，当然都需要用所需的数字替换 n