r - metaMDS 的绘图点

Question

我会绘制 metaMDS 的点使用不同的符号。我会对站点进行分类并将其绘制为具有不同符号的点。

我有 89 个站点，我会将它们分成 11 个组，然后绘制它。

你知道我该怎么做吗？

非常感谢。

Answer 1

这是一个使用 中的基图的简单示例素食主义者 .我的blog post里有更多细节在这个问题上。关键是为 11 个组创建一组绘图字符(下面的 pchs)，然后使用包含组成员身份的因子(下面的 grps)索引该组字符。

require("vegan")
data(dune)

set.seed(123)
sol <- metaMDS(dune)

pchs <- 1:11
grps <- factor(sample(LETTERS[1:11], nrow(dune), replace = TRUE))
## note that not all 11 groups are included in this sample
## but this is just for show - you will have a variable containing
## the group membership data

plot(sol, type = "n", display = "sites")
points(sol, display = "sites", pch = pchs[grps])

如果您想要更多自动化并且乐于使用 ggplot2 包，我已经开始了一个新的包， ggvegan 这将为您做到这一点。 素食主义者 目前不在 CRAN 或 R-forge 上，因此您需要自己构建软件包或使用来自 的工具安装它。开发工具 包裹。

require("ggvegan")
scrs <- fortify(sol)
scrs <- subset(scrs, subset = Score == "sites")
## ggplot doesn't like more than 6 groups for shape
grps <- factor(sample(LETTERS[1:6], nrow(dune), replace = TRUE))
scrs <- cbind(scrs, Group = grps) ## add on the group variable

## do the plot
ggplot(scrs, aes(x = Dim1, y = Dim2, shape = Group, colour = Group)) + 
  geom_point() + coord_fixed()

对于六个以上的组，您需要手动指定形状，通过 scale但这超出了本答案的范围。

为时尚早素食主义者 我很可能会制作 fortify方法接受额外的向量以添加到强化分数，但现在您必须自己添加分组变量。