r - 多元 Mann-Whitney U 检验

Question

美好的一天。我正在使用我拥有的数据集搜索一些帮助/建议，我想为此运行 Mann-Whitney U 测试。一组虚拟的 data.frame 如下所示:

 Plant R1 R2 R3 R4 R5
     a  1  2  3  4  5
     a  6  7  8  9 10
     a 11 12 13 14 15
     b 16 17 18 19 20
     b 21 22 23 24 25
     b 26 27 28 29 30
     b 31 32 33 34 35
     c 36 37 38 39 40
     c 41 42 43 44 45
     c 46 47 48 49 50
     d 51 52 53 54 55
     d 56 57 58 59 60

我有 26 种不同的植物，我想检验以下假设:在所有植物物种对(a、b、c...等)之间，每个单独波段(r1、r2、r3)的中值反射率之间没有显着差异...r400。有 400 个波段列)。该假设将针对 26 种植物物种的所有可能组合进行 325 次测试。应在 ά = 0.00015 的显着性水平上检验零假设(以校正 Bonferroni 效应，0.05/325)。

我知道 wilcox.test命令执行成对比较。我尝试搜索 Cran 存储库并找到 npmc包，但不再维护。

我希望结果如下所示:

Comparison   R1   R2   R3   R4   R5
    ab      p-value
    ac
    ad

但我不知道从哪里开始。任何人都可以提供任何建议。提前致谢。

库尔特

Answer 1

由于您正在进行多重比较，您可以考虑多个对比测试程序，例如 Frank Konietschke, Ludwig A. Hothorn, and Edgar Brunner 描述的 T~ .由于您有兴趣比较所有可能的对，您应该使用 Tukey 对比。讨论 T~ 背后的统计机制可能不适合 StackOverflow，最好在 Cross Validated 上进行。 . T~程序已在nparcomp中实现包。由于 T~ 尊重传递性，因此其结果可以表示为 Vasilescu et al. 建议的简化图。