r - 从 R 自动化 WinBUGS

Question

我有一个与称为 BUGS 的 R 代码相关的问题。我已经在 WinBUGS 中运行了模型，它运行良好，给了我预期的结果。下面是当我有 Y 的单一结果或单变量数据时使用的自动化代码。现在我想将它用于多种结果。我尝试了一种不同的读取数据的方式。有 2 个用于测试的模拟，它们是从 csv 文件中读取的。不确定在代码中指定的位置，以便可以对 2 个结果而不是一个结果重复相同的过程。
setwd("C://Tina/USB_Backup_042213/Testing/CSV")

  matrix=NULL
  csvs <- paste("MVN", 1:2, ".csv", sep="")
 for(i in 1:length(csvs)){
 matrix[[i]] <- read.csv(file=csvs[i], header=T)
 print(matrix[[i]])
  }
   Y1 Y2
 1 11  6
 2  8  5
 3 25 13
 4  1 13
 5  8 22
   Y1 Y2
 1  9  1
 2  7  9
 3 25 13
 4  1 18
 5  9 12
library("R2WinBUGS")

bugs.output <- list()
for(sim in 1:2){
    Y <-(matrix[[sim]])
    bugs.output[sim] <- bugs(
    data=list(Y=as.matrix(Y), Nf=5, n=60, mn=c(-1.59, -2.44), prec=matrix(c(.0001,0,0,.0001),nrow=2,ncol=2), R=matrix(c(.001,0,0,.001),nrow=2,ncol=2)), 
   inits=list(list(gamma=c(0,0), T=matrix(c(0.9,0,0,0.9),nrow=2,ncol=2))),
    model.file="M-LN_model_trial.txt",
    parameters.to.save = c("p","rho","sigma2"),
  n.chains=1, n.iter=12000, n.burnin=5000, debug=TRUE,
  bugs.directory="C://Tina/USB_Backup_042213/winbugs14/WinBUGS14",
  working.directory=NULL)
   }

警告信息:
1: 在 bugs.output[sim] <- bugs(data = list(Y = as.matrix(Y), Nf = 5, :
要替换的项目数不是替换长度的倍数
2: 在 bugs.output[sim] <- bugs(data = list(Y = as.matrix(Y), Nf = 5, :
要替换的项目数不是替换长度的倍数

Answer 1

当您从 R 运行 BUGS 模型时遇到错误，一种选择是尝试在 OpenBUGS 或 WinBUGS 本身中模拟模型运行。它可以帮助您(通过点击检查模型按钮后的光标位置)定位有问题的线。

我用你的 BUGS 模型做了这个。我在mn的定义中发现了问题, prec和 R在 BUGS 模型中。您可以删除它们，因为它们已在数据中定义(这看起来是定义它们的合适位置)。一旦我从你的 BUGS 模型中删除了这些，一切都运行良好。

请注意，要在 OpenBUGS 中运行模型，您必须编辑数据格式，例如我运行的脚本是:

model{
#likelihood
for(j in 1 : Nf){
    p1[j, 1:2 ] ~ dmnorm(gamma[1:2], T[1:2 ,1:2])  
    for (i in 1:2){
        logit(p[j,i]) <- p1[j,i]
        Y[j,i] ~ dbin(p[j,i],n) 
    }
}   

#priors
gamma[1:2] ~ dmnorm(mn[1:2],prec[1:2 ,1:2])
expit[1] <- exp(gamma[1])/(1+exp(gamma[1]))
expit[2] <- exp(gamma[2])/(1+exp(gamma[2]))
T[1:2 ,1:2] ~ dwish(R[1:2 ,1:2], 2)
sigma2[1:2, 1:2]  <- inverse(T[,])
rho  <-  sigma2[1,2]/sqrt(sigma2[1,1]*sigma2[2,2])
}

#data
list(Y=structure(.Data=c(1,11,6,1,8,5,1,25,13,1,1,13,1,8,22),.Dim=c(5,3)),
Nf=5, n=60, mn=c(-1.59,-2.44),
prec=structure(.Data=c(0.0001,0,0,0.0001),.Dim=c(2,2)),
R=structure(.Data=c(0.001,0,0,0.001),.Dim=c(2,2)))

#inits
list(gamma=c(0,0), T=structure(.Data=c(0.9,0,0,0.9),.Dim=c(2,2)))

数据和初始化需要一些工作才能从 R 脚本转换。

其他几点:1)我不确定您的 Y 格式是否正确，因为它有 3 列，您的分布仅考虑前两列(X 和 Y1)。 2)您可能有一组不必要的大括号。

要通过 R 在 BUGS 中运行代码，您可以使用以下 R 语法...

#BUGS code as a character string
bugs1<-
"model{
  #likelihood
  for(j in 1 : Nf){
    p1[j, 1:2 ] ~ dmnorm(gamma[1:2], T[1:2 ,1:2])  
    for (i in 1:2){
      logit(p[j,i]) <- p1[j,i]
      Y[j,i] ~ dbin(p[j,i],n) 
    }
  }   

  #priors
  gamma[1:2] ~ dmnorm(mn[1:2],prec[1:2 ,1:2])
  expit[1] <- exp(gamma[1])/(1+exp(gamma[1]))
  expit[2] <- exp(gamma[2])/(1+exp(gamma[2]))
  T[1:2 ,1:2] ~ dwish(R[1:2 ,1:2], 2)
  sigma2[1:2, 1:2]  <- inverse(T[,])
  rho  <-  sigma2[1,2]/sqrt(sigma2[1,1]*sigma2[2,2])
}"
#write the BUGS code to a txt file in current working directory
writeLines(bugs1, "bugs1.txt")
#create data
Y<-data.frame(X=1,Y1=c(11,8,25,1,8),Y2=c(6,5,13,13,22))

#run BUGS from R
library("R2OpenBUGS")
mcmc1 <- bugs(data = list(Y=as.matrix(Y), Nf=5, n=60, mn=c(-1.59, -2.44), 
                          prec=matrix(c(.0001,0,0,.0001),nrow=2,ncol=2),
                          R=matrix(c(.001,0,0,.001),nrow=2,ncol=2)),
              inits = list(list(gamma=c(0,0), T=matrix(c(0.9,0,0,0.9),nrow=2,ncol=2))),
              param = c("gamma", "sigma2"), 
              model = "bugs1.txt", 
              n.iter = 11000, n.burnin = 1000, n.chains = 1)

这里有几点需要注意。 1) 这使用 OpenBUGS 而不是 WinBUGS。 2) 如果您使用 R2WinBUGS，如果您没有以管理员身份运行 R(或 Rstudio，或您正在使用的任何东西)，则可能会遇到陷阱。

要将上面的代码运行 1000 次，您可以将它放在一个循环中，例如......

#create and write the BUGS code to a txt file in current working directory (outside the loop)
bugs1<-...

#loop
for(i in 1:1000){
    Y <- read.csv(file=paste0("MVN",i,".csv"))
    #run BUGS from R
    library("R2OpenBUGS")
    mcmc1 <- bugs(data = list(Y=as.matrix(Y), Nf=5, n=60, mn=c(-1.59, -2.44), 
                              prec=matrix(c(.0001,0,0,.0001),nrow=2,ncol=2),
                              R=matrix(c(.001,0,0,.001),nrow=2,ncol=2)),
                  inits = list(list(gamma=c(0,0), T=matrix(c(0.9,0,0,0.9),nrow=2,ncol=2))),
                  param = c("gamma", "sigma2"), 
                  model = "bugs1.txt", 
                  n.iter = 11000, n.burnin = 1000, n.chains = 1)
    #save mcmc
    write.csv(mcmc1$sims.matrix,paste0("mcmc",i,".csv"))
}