sungridengine - 如何使用qsub复制集群系统中的环境变量？

Question

我使用 SUN 的 SGE 将我的作业提交到集群系统中。问题是如何让
计算机在宿主机中查找环境变量，或者如何配置qsub使计算机在主机中加载环境变量的脚本？
下面是一个脚本示例，但是它会说一些错误，例如找不到库:

    #!/bin/bash
    #
    #$ -V
    #$ -cwd
    #$ -j y
    #$ -o /home/user/jobs_log/$JOB_ID.out
    #$ -e /home/user/jobs_log/$JOB_ID.err
    #$ -S /bin/bash
    #

    echo "Starting job: $SGE_TASK_ID"

    # Modify this to use the path to matlab for your system
    /home/user/Matlab/bin/matlab -nojvm -nodisplay -r matlab_job 

    echo "Done with job: $SGE_TASK_ID"

Answer 1

您正在使用的技术(添加 -V)应该可以工作。由于您使用 -S 指定 shell ，一种可能性是网格引擎被配置为启动/bin/bash 作为登录 shell ，并且您的配置文件脚本在您试图传递给作业的整个环境中踩踏。

尝试使用 qstat -xml -j在作业排队/运行时查看网格引擎试图传递给作业的环境变量。

尝试添加 env命令脚本以查看设置了哪些变量。

尝试添加 shopt -q login_shell;echo $?在脚本中告诉您它是否作为登录 shell 运行。

要列出在 Grid Engine 中配置为登录 shell 的 shell，请尝试:

SGE_SINGLE_LINE=true qconf -sconf|grep ^login_shells