bioinformatics - multiFASTA 文件处理

Question

我很想知道是否有任何生物信息学工具能够处理 multiFASTA 文件，为我提供序列数量、长度、核苷酸/氨基酸含量等信息，并可能自动绘制描述图。
也可以使用 R BIOconductor 解决方案或 BioPerl 模块，但我没有找到任何东西。

你能帮助我吗？非常感谢 :-)

Answer 1

一些浮雕工具是可以帮助您的小工具的集合。

seqstats返回序列长度

pepstats应该给你氨基酸含量等。
一些工具还提供绘图功能。非常便利。
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/groups.html

要计算 fasta 条目的数量，我使用:
grep -c '^>' mySequences.fasta .

为确保所有条目都不重复，我在执行此操作时检查是否得到相同的数字: grep '^>' mySequences.fasta | sort | uniq | wc -l