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bioinformatics - multiFASTA 文件处理

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 04:33:03 26 4
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我很想知道是否有任何生物信息学工具能够处理 multiFASTA 文件,为我提供序列数量、长度、核苷酸/氨基酸含量等信息,并可能自动绘制描述图。
也可以使用 R BIOconductor 解决方案或 BioPerl 模块,但我没有找到任何东西。

你能帮助我吗?非常感谢 :-)

最佳答案

一些浮雕工具是可以帮助您的小工具的集合。

  • seqstats返回序列长度
  • pepstats应该给你氨基酸含量等。
    一些工具还提供绘图功能。非常便利。
    http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/groups.html

  • 要计算 fasta 条目的数量,我使用:
    grep -c '^>' mySequences.fasta .

    为确保所有条目都不重复,我在执行此操作时检查是否得到相同的数字: grep '^>' mySequences.fasta | sort | uniq | wc -l

    关于bioinformatics - multiFASTA 文件处理,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/1789307/

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