r - 如何获取 R 包的 rmarkdown 小插图以逃避 Solaris 和 OSX 上的 CRAN 警告

Question

我在 CRAN 上有几个 R 包，它们对 Solaris(有时是 OSX)发出警告，这些警告与 pandoc 不可用于小插图构建有关。例如，这里是 ggseas results on CRAN ，以及 source code for the vignette - 与提交给 CRAN 的版本略有不同，但没有任何相关的方式。

粗略的谷歌搜索表明这个问题很常见。在 GitHub 上也很容易找到单个包的十几个问题，但我找不到任何表明解决方案的内容。据推测，CRAN 维护者只是让这个过去了，但如果是这样的话，那就不妙了。我不喜欢勾选“我已经解决了上次提交的任何注释和警告”的框，因为它不是真的。

现在，一些幸运或熟练的人拥有不会导致此问题的 rmarkdown 小插图。例如，tidyr vignette是否not have any warnings for Solaris and OSX on CRAN .但我在 tidyr 小插图的序言中看不出有什么不同:

---
title: "Tidy data"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Tidy data}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

或在包含此行的说明文件中，

VignetteBuilder: knitr

这与我的小插图不同，它会引发警告。这是我所拥有的:

---
title: "ggseas - seasonal decomposition on the fly"
author: "Peter Ellis"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{ggseas - seasonal decomposition on the fly}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

我也有 knitr和 rmarkdown在描述文件的“建议”中，这是在各种问题讨论中提到的一种解决方案(通常后跟“但它没有解决”)。

我错过了什么？避免在 CRAN 上创建这些警告的秘诀是什么？不幸的是，对此进行实验并不容易，所以如果我们能在这里为所有受此困扰的人找到明确的答案，那就太好了。

编辑/添加 - 完整的描述文件

Hadley Wickham 建议问题最有可能出在 DESCRIPTION包的文件，而不是小插图本身。

这是 ggseas的描述文件，生成警告的包:

Package: ggseas
Title: 'stats' for Seasonal Adjustment on the Fly with 'ggplot2'
Version: 0.5.4
Authors@R: c(
   person("Peter", "Ellis", , "peter.ellis2013nz@gmail.com", c("aut", "cre")),
   person("Christophe", "Sax", role = "ctb")
   )
Maintainer: Peter Ellis <peter.ellis2013nz@gmail.com>
Description: Provides 'ggplot2' 'stats' that estimate seasonally adjusted series 
    and rolling summaries such as rolling average on the fly for time series.
Depends:
    R (>= 3.1.2), 
    ggplot2 (>= 2.0.0)
Imports:
    seasonal, 
    rlang,
    stats,
    zoo
License: GPL-3
LazyData: true
RoxygenNote: 6.0.1
BugReports: https://github.com/ellisp/ggseas/issues
Suggests: testthat,
    knitr,
    rmarkdown
VignetteBuilder: knitr

下面是 tidyr 的描述文件，该包不会产生警告:

Package: tidyr
Title: Easily Tidy Data with 'spread()' and 'gather()' Functions
Version: 0.8.1.9000
Authors@R: c(
    person("Hadley", "Wickham", , "hadley@rstudio.com", c("aut", "cre")),
    person("Lionel", "Henry", , "lionel@rstudio.com", "aut"),
    person("RStudio", role = "cph")
    )
Description: An evolution of 'reshape2'. It's designed specifically for data
    tidying (not general reshaping or aggregating) and works well with
    'dplyr' data pipelines.
License: MIT + file LICENSE
URL: http://tidyr.tidyverse.org,
    https://github.com/tidyverse/tidyr
BugReports: https://github.com/tidyverse/tidyr/issues
Depends: 
    R (>= 3.1)
Imports: 
    dplyr (>= 0.7.0),
    glue,
    magrittr,
    purrr,
    Rcpp,
    rlang,
    stringi,
    tibble,
    tidyselect
Suggests: 
    covr,
    gapminder,
    knitr,
    rmarkdown,
    testthat
LinkingTo: 
    Rcpp
VignetteBuilder: knitr
LazyData: true
Roxygen: list(markdown = TRUE)
RoxygenNote: 6.0.1

第二次编辑/添加 - 可在 rhub 上重现

这是我在使用 rhub::check(...) 时看到的内容对于 Solaris 平台。这里有一些线索可以说明问题与图像有关，这与 one suggestion on Twitter 相符。 ( tidyr 小插图没有图像)。因为没有图像(它是一个图形包)在我的小插图中没有意义，这可能会让我难倒。

✔  checking package vignettes in ‘inst/doc’
─  checking running R code from vignettes ...
      ‘ggseas.Rmd’ using ‘UTF-8’ ... OK
    NONE
W  checking re-building of vignette outputs
   Error in re-building vignettes:
     ...
   Warning in engine$weave(file, quiet = quiet, encoding = enc) :
     Pandoc (>= 1.12.3) and/or pandoc-citeproc not available. Falling back to R Markdown v1.
   Warning in (function (filename = "Rplot%03d.png", width = 480, height = 480,  :
     unable to open connection to X11 display ''
   Quitting from lines 47-49 (ggseas.Rmd) 
   Error: processing vignette 'ggseas.Rmd' failed with diagnostics:
   unable to start device PNG
   Execution halted

Answer 1

已经有一段时间了，看来您还没有解决问题。
我的一个 imputeTS 包( vignette )上也有一个 R Markdown 小插图。它有很多用 ggplot2 创建的图像，所以我认为问题不在于一般的图像。
我对 .Rmd 文件有完全相同的注释
MARKDOWN .Rmd 文件:

---
title: "Gallery: Times Series Missing Data Visualizations"
author: "Steffen Moritz"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Gallery: Times Series Missing Data Visualizations}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
--- 

但是，我的描述与您的描述略有不同:
描述

Suggests:
    testthat,  R.rsp, knitr, zoo, timeSeries, tis, xts, tibble, tsibble, rmarkdown
License: GPL-3
VignetteBuilder: R.rsp, knitr, rmarkdown

正如你所看到的，rmarkdown 也被额外添加为 VignetteBuilder。你能不能试试这个。一些 Github 问题也表明这可能与问题有关 ( https://github.com/r-lib/usethis/issues/1147)