r - 使用 emmenas 为 post hoc 估计效果大小

Question

有没有办法直接使用 emmeans() 获得效果大小(例如 Cohen's d 或最合适的)？

我找不到通过使用 emmeans() 获得效果大小的任何东西

post <- emmeans(fit, pairwise~  favorite.pirate | sex)
emmip(fit, ~ favorite.pirate | sex)

Answer 1

效果大小计算没有内置规定，但您可以通过定义自定义对比函数将每个成对比较除以 sigma 值来拼凑一个:

mypw.emmc = function(..., sigma = 1) {
  result = emmeans:::pairwise.emmc (...)
  for (i in seq_along(result[1, ]))
    result[[i]] = result[[i]] / sigma
  result
}

这是一个测试运行:

> mypw.emmc(1:3, sigma = 4)
  1 - 2 1 - 3 2 - 3
1  0.25  0.25  0.00
2 -0.25  0.00  0.25
3  0.00 -0.25 -0.25

对于您的模型，错误 SD 为 9.246(查看 summary(fit) ；因此，...

> emmeans(fit, mypw ~ sex, sigma = 9.246, name = "effect.size")
NOTE: Results may be misleading due to involvement in interactions
$emmeans
 sex    emmean    SE     df lower.CL upper.CL
 female   63.8 0.434   3.03     62.4     65.2
 male     74.5 0.809  15.82     72.8     76.2
 other    68.8 1.439 187.08     65.9     71.6

Results are averaged over the levels of: favorite.pirate 
Degrees-of-freedom method: kenward-roger 
Confidence level used: 0.95 

$contrasts
 effect.size    estimate     SE  df t.ratio p.value
 female - male    -1.158 0.0996 399 -11.624 <.0001 
 female - other   -0.537 0.1627 888  -3.299 0.0029 
 male - other      0.621 0.1717 981   3.617 0.0009 

Results are averaged over the levels of: favorite.pirate 
Degrees-of-freedom method: kenward-roger 
P value adjustment: tukey method for comparing a family of 3 estimates 

一些警告的话:

效应量的 SE 具有误导性，因为它们没有考虑 sigma 中的变化。 .

这不是一个很好的例子，因为

一个。因素相互作用(Edward Low 在他的个人资料中有所不同)。
另请参阅警告消息。

湾该模型是奇异的(正如在拟合模型时警告的那样)，对于 college 产生的估计方差为零)