r - 我可以在 R 中使用 Monocle 对聚合的 CellDataSet 对象进行子集化吗？

Question

我有一个 CelldataSet 对象 (cds):

> class(cds)
[1] "CellDataSet"
attr(,"package")
[1] "monocle"

由 6 个不同的聚合样本组成，可以通过其条形码的后缀加以区分。以下是这些外观的示例:

cds$barcode
1   ACCAACGACTTGCC-1
2   CGCACTACTCGATG-4
3   CGTACAGAGTATCG-5
4   CGTCAAGATCACCC-5
5   ACTGAGACCCGTAA-2
6   TTAGACCTCGGGAA-6
7   TTCAAGCTGGTATC-3
8   TTTGACTGTCCTTA-4
9   TTTGCATGCTCTTA-4
10  AAACATTGAAGCCT-5

是否可以将此 CellDataSet 对象拆分为 6 个较小的 CellDataSet 对象，每个对象包含具有相同“-n”后缀的条形码，以便我可以分别分析每个样本？例如，CellDataSet1 的条形码如下所示:

cds$barcode
1   AAACCGTGCCCTCA-1
2   AAACGCACACGCAT-1
3   AAACGGCTTCCGAA-1
4   AAAGACGAACCCAA-1
5   AAAGACGACTGTTT-1
6   AAAGAGACAAAGCA-1
7   AAAGATCTGGTAAA-1
8   AAAGCAGAGCAAGG-1
9   AAAGCAGATTATCC-1
10  AAAGCCTGATGACC-1

等，并将包含与原始对象中相应的属性。

非常感谢!

阿比盖尔

Answer 1

可以使用tidyverse来解决问题:

library(tidyverse)
dataseti <- data.frame(barcode = c("ACCAACGACTTGCC-1",
                                  "GCACTACTCGATG-4",
                                  "CGTACAGAGTATCG-5",
                                  "CGTCAAGATCACCC-5",
                                  "ACTGAGACCCGTAA-2",
                                  "TTAGACCTCGGGAA-6", 
                                  "TTCAAGCTGGTATC-3",
                                  "TTTGACTGTCCTTA-4",
                                  "TTTGCATGCTCTTA-4",
                                  "AAACATTGAAGCCT-5"),
                      stringsAsFactors = FALSE)

假设您想要第 4 组

dataseti %>% separate(barcode, c("chain","group"),"-") %>% filter(group == 4)

祝你好运!