r - 如何将 spearman 相关 p 值以及相关系数添加到 ggpairs？

Question

使用以下代码在 R 中构建 ggpairs 图。

df 是一个包含 6 个连续变量和一个 的数据框群 多变的

ggpairs(df[,-1],columns = 1:ncol(df[,-1]),
mapping=ggplot2::aes(colour = df$Group),legends = T,axisLabels = "show", 
upper = list(continuous = wrap("cor", method = "spearman", size = 2.5, hjust=0.7)))+ 
theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = "black"))

我试图将 spearman 相关性的 p 值添加到生成的图的上面板(即)附加到 Spearman 相关系数。

通常，使用 cor.test 计算 p 值方法作为“Spearman”传递

也知道 StackOverFlow 帖子讨论了一个与此类似的查询，但我需要 ggpairs ，对此解决方案不起作用。此外，之前的查询尚未解决。

How to add p values for Spearman correlation coefficients plotted using pairs in R

Answer 1

我感觉这超出了您的预期..所以您需要定义一个自定义函数，例如 ggally_cor ，所以首先我们有一个函数来打印 2 个变量之间的相关性:

printVar = function(x,y){
      vals = cor.test(x,y,
      method="spearman")[c("estimate","p.value")]
      names(vals) = c("rho","p")
      paste(names(vals),signif(unlist(vals),2),collapse="\n")
}

然后我们定义一个函数，接收每对的数据，并计算1.整体相关性，2.分组相关性，并将其传递到ggplot中，基本上只打印此文本:

my_fn <- function(data, mapping, ...){
  # takes in x and y for each panel
  xData <- eval_data_col(data, mapping$x)
  yData <- eval_data_col(data, mapping$y)
  colorData <- eval_data_col(data, mapping$colour)

# if you have colors, split according to color group and calculate cor

  byGroup =by(data.frame(xData,yData),colorData,function(i)printVar(i[,1],i[,2]))
  byGroup = data.frame(col=names(byGroup),label=as.character(byGroup))
  byGroup$x = 0.5
  byGroup$y = seq(0.8-0.3,0.2,length.out=nrow(byGroup))

#main correlation
mainCor = printVar(xData,yData)

p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) +
annotate(x=0.5,y=0.8,label=mainCor,geom="text",size=3) +
geom_text(data=byGroup,inherit.aes=FALSE,
aes(x=x,y=y,col=col,label=label),size=3)+ 
theme_void() + ylim(c(0,1))
  p
}

现在我使用 mtcars，第一列是一个随机组:

df  =data.frame(
Group=sample(LETTERS[1:2],nrow(mtcars),replace=TRUE),
mtcars[,1:6]
)

和情节:

ggpairs(df[,-1],columns = 1:ncol(df[,-1]),
mapping=ggplot2::aes(colour = df$Group),
axisLabels = "show", 
upper = list(continuous = my_fn))+
theme(panel.grid.major = element_blank(), 
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = "black")) 

我认为对于您自己的情节，文本的间距可能不是最佳的，但这只是调整 my_fn 的问题。 .