command-line - 从 Illumina BaseSpace 下载数据

Question

我希望能够以 fastq 格式从 BaseSpace 下载数据。我知道您可以通过浏览器下载数据，但我想使用 Linux 命令行来执行此操作。

我已经在考虑创建一个 API，但我对此没有任何经验...

有没有简单的方法可以做到这一点？

Answer 1

有basemount -- 由 Illumina 开发的工具-- 简化您想做的事情。使用 basemount，我可以在我的 Linux 机器上安装我的 BaseSpace Sequence Hub。

例如，当我运行时:

mkdir BaseSpace    
basemount BaseSpace

我得到一个文件夹 (BaseSpace)，其目录结构与我的 BaseSpace 帐户网站上显示的文件夹结构相同。然后，要将文件从 BaseSpace 复制到我的本地计算机，我只需执行以下操作:

cp BaseSpace/path/to/file/fileName /path/in/local/machine/

请看documentation了解如何安装 basemount 并登录您的 BaseSpace 帐户。