r - 将因素映射到数据框

Question

我有分布在两个数据集上的采样数据。 loc描述地理位置，spe包含找到的物种。不幸的是，采样站由两个因素(cruise和station)描述，所以我需要为两个数据集构造唯一的标识符

>loc
  cruise station     lon    lat
1    TY1      A1 53.8073 6.7836
2    TY1       3 53.7757 6.7009
3    AZ7      A1 53.7764 6.6758

和

>spe
  cruise station     species abundance
1    TY1      A1 Ensis ensis       100
2    TY1      A1    Magelona         5
3    TY1      A1    Nemertea        17
4    TY1       3    Magelona         8
5    TY1       3     Ophelia      1200
6    AZ7      A1     Ophelia       950
7    AZ7      A1 Ensis ensis        89
8    AZ7      A1        Spio         1

我需要的是添加一个唯一的标识符 ID这样

  cruise station     species abundance     ID
1    TY1      A1 Ensis ensis       100 STA0001
2    TY1      A1    Magelona         5 STA0001
3    TY1      A1    Nemertea        17 STA0001
4    TY1       3    Magelona         8 STA0002
5    TY1       3     Ophelia      1200 STA0002
6    AZ7      A1     Ophelia       950 STA0003
7    AZ7      A1 Ensis ensis        89 STA0003
8    AZ7      A1        Spio         1 STA0003

这是数据

loc<-data.frame(cruise=c("TY1","TY1","AZ7"),station=c("A1",3,"A1"),lon=c(53.8073, 53.7757, 53.7764),lat=c(6.7836, 6.7009, 6.6758))

spe<-data.frame(cruise=c(rep("TY1",5),rep("AZ7",3)),station=c(rep("A1",3),rep(3,2),rep("A1",3)),species=c("Ensis ensis", "Magelona", "Nemertea", "Magelona", "Ophelia", "Ophelia","Ensis ensis", "Spio"),abundance=c(100,5,17,8,1200,950,89,1))

然后，我为 ID构造 loc

 loc$ID<-paste("STA",formatC(1:nrow(loc),width=4,format="d",flag="0"),sep="")

但是如何将 ID映射到 spe？

对于像我这样的过程程序员，我发现涉及两个嵌套循环的方式非常漂亮(如果嵌套循环可以被称为“漂亮”)。我非常确定R中的两层衬套会做得更高效，更快，但我无法弄清楚。我真的想在我的代码中增加更多美感，这真是非R。

Answer 1

实际上，我认为这是一种情况，其中基数R中的merge可以正常工作:

merge(spe, loc, all.x=TRUE)

  cruise station     species abundance     lon    lat
1    AZ7      A1     Ophelia       950 53.7764 6.6758
2    AZ7      A1 Ensis ensis        89 53.7764 6.6758
3    AZ7      A1        Spio         1 53.7764 6.6758
4    TY1       3    Magelona         8 53.7757 6.7009
5    TY1       3     Ophelia      1200 53.7757 6.7009
6    TY1      A1 Ensis ensis       100 53.8073 6.7836
7    TY1      A1    Magelona         5 53.8073 6.7836
8    TY1      A1    Nemertea        17 53.8073 6.7836

要查找唯一标识符，请使用 unique():

unique(paste(loc$cruise, loc$station, sep="-"))
[1] "TY1-A1" "TY1-3"  "AZ7-A1"