unix - 尝试链接 CXX 可执行文件时，Kallisto 构建一直失败

Question

我对一般的编码非常陌生，所以对于任何不清晰或简洁的地方，我深表歉意。我正在尝试为 Kallisto 构建一个用于 RNA 序列比对的构建，但我陷入了“构建”阶段。在稍微摆弄和下载 CXX 编译器后，cmake 成功了，但 make 继续退出并显示错误状态:

[ 27%] Built target htslib
[ 93%] Built target kallisto_core
[ 96%] Linking CXX executable kallisto
/home/wahanson/miniconda3/bin/../lib/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/../../../../x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lz
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [src/CMakeFiles/kallisto.dir/build.make:88: src/kallisto] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:130: src/CMakeFiles/kallisto.dir/all] Error 2

主要错误似乎是“无法找到 -lz”，从而导致后续错误。据我了解，这是在引用 zlib1g-dev 和/或无法在路径中找到它。我已经通过 conda 安装了 zlib1g-dev 并确保更新无济于事。如果有人能让我知道我遗漏了什么或下一个地方可以看，我将不胜感激。谢谢!

Answer 1

错误看起来像 zlib 包没有安装在环境中。幸运的是，我最近构建了 kallisto 并且可以分享 the Conda environment我一直在使用，我已经在 osx-64 和 linux-64 平台上测试过:

kallisto-build.yaml

name: kallisto-build
channels:
  - bioconda
  - r
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - autoconf
  - automake
  - hdf5
  - cmake
  - cxx-compiler
  - zlib

创建并激活这个环境:

conda env create -f kallisto-build.yaml
conda activate kallisto-build

然后关注the kallisto instructions用于从源代码构建。