slurm - 批处理: pass job name as input argument

Question

我有以下脚本用Slurm提交作业:

#!/bin/sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J $3 #job_name 
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

nwchem $1 > $2

第一个参数($ 1)是我的输入，第二个参数($ 2)是我的输出，我希望第三个参数($ 3)是我的工作名称。如果我这样，工作名称为“$ 3”。如何继续将作业名称作为脚本的参数？

谢谢

Answer 1

SBATCH指令被shell视为注释，它不对$3执行变量替换。有几种行动方案:

选项1:在命令行中传递-J参数:

sbatch -J thejobname submission_script.sh input.data output.res

选项2:通过 stdin传递脚本，替换位置参数( $1， $2等，以已命名的位置为参数)

IN=input.data OUT=output.res NAME=thejobname <submission_script.sh sbatch 

选项3:编写包装器

#!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/sh
#SBATCH -J $3 #job_name 
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

nwchem $1 > $2
EOT

并像这样使用它:

submit.sh input.data output.red thejobname

还要注意，第二个shebang( #!/bin/bash)是无用的，并且被(父)shell忽略。