r - 如何制作 R session 的日志文件，该文件结合了来自 R 控制台的命令、结果和警告/消息/错误

Question

我想生成一个日志文件来跟踪 R 控制台中的所有命令 (stdin)、结果 (stdout) 和错误/警告/消息 (stderr)。

我知道有很多日志包，我尝试了几个，比如 TeachingDemos (似乎完全忽略了 stderr)或 R2HTML (似乎忽略消息)，但是，它们似乎都没有包含 stderr 中的所有内容。

只有 knitr和 markdown似乎能够将所有内容都包含在一个文件中。但是使用这种解决方法，我必须编写 R 脚本，而且我不能在控制台中自由编写命令。此外，我不能包括 knitr或 markdown命令在同一个 R 脚本中(这当然是一个小问题)。

这是一个例子 :

library(TeachingDemos)
library(R2HTML)    
library(TraMineR)

logdir <- "mylog.dir"

txtStart(file=paste(logdir,"test.txt", sep=""), commands=TRUE, 
         results=TRUE, append=FALSE)
HTMLStart(outdir = logdir, file = "test", echo=TRUE, HTMLframe=FALSE)

## Messages, warnings and errors
message("Print this message.")
warning("Beware.")
"a" + 1
geterrmessage()

## Some example application with the TraMiner package 
## which uses messages frequently
data(mvad)
mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86])
mvad.ham <- seqdist(mvad.seq, method="HAM")

txtStop()
HTMLStop()

Answer 1

如果您从 Unix/Linux/Mac/etc 运行 R。终端，你可以这样做:

R | tee mydir/mylog.txt

在 Windows 上，您可以在

R CMD BATCH yourscript.R

并且您的结果将出现在与 yourscript.out 相同的文件夹中