为系列绘制的 R plotCI 错误分配的颜色

Question

在 Windows 7 上的 R v2.14.0 x64 中，我使用 gplots 库中的 plotCI 函数，并尝试使用以下方法根据数据框中的数据设置每个图的颜色:

plotCI(
        x = data[1:2,3], 
        ui = data[1:2,5], 
        li = data[1:2,4], 
        col=data[1:2,6], 
        lty = 1, pch=20, xaxt ="n", xlim = c(1,42), ylim = c(0,100), 
        gap = 0 )

除了绘制点的颜色外，该图正确出现，这些点被错误地分配给了错误的系列(但是，系列内的颜色是一致的)。

我有一个结构数据框(仅前 7 行):

     size qim       X1   lower    upper color
1    1000   1 100.0000 99.6000 100.0000  blue
2    1000   2  99.8000 99.4000 100.0000  blue
3    1000   3  98.2000 96.6000  99.2000  blue
4    1000   4  62.7000 58.8000  65.7000  blue
5    1000   5  10.4000  9.0000  12.5000  blue
6    1000   6   3.9000  2.9000   4.9000  blue
7    5000   1  99.9000 99.4000 100.0000   red

我使用以下方法对数据框进行排序:

data <- data.unsorted[with(data,order(qim,size)),]

排序似乎正确发生，结果数据框:

 size qim       X1   lower    upper color
1    1000   1 100.0000 99.6000 100.0000  blue
7    5000   1  99.9000 99.4000 100.0000   red
13  10000   1  99.7000 99.4000  99.9000 green
19  40909   1  98.5000 98.5000  98.5000 black
25 152228   1  98.1000 98.1000  98.1000 black
31 241707   1  98.9000 98.9000  98.9000 black
37 434844   1  97.4000 97.4000  97.4000 black

在结果图中，第一条线绘制为红色，第二条线绘制为蓝色(反转)。

是我做错了什么，还是对此有其他解释？

Answer 1

这里有一个因素/字符混淆。 color变量作为因子被读入 R，因此其基础数值根据值的字母顺序分配:“black”=1，“blue”=2，(可能)“green”=3，“red” =4。然后根据 R 的默认调色板映射颜色:1=黑色，2=红色，3=绿色，4=蓝色。这导致了(诚然看似奇怪的)对应关系:“黑色”=黑色，“蓝色”=红色，“绿色”=绿色，“红色”=蓝色(!!)。修复实际上非常简单:只需使用 as.character您身边的color多变的。

data.unsorted <- read.table(textConnection(
"    size qim       X1   lower    upper color
1    1000   1 100.0000 99.6000 100.0000  blue
2    1000   2  99.8000 99.4000 100.0000  blue
3    1000   3  98.2000 96.6000  99.2000  blue
4    1000   4  62.7000 58.8000  65.7000  blue
5    1000   5  10.4000  9.0000  12.5000  blue
6    1000   6   3.9000  2.9000   4.9000  blue
7    5000   1  99.9000 99.4000 100.0000   red"),
header=TRUE)


library(gplots)
data <- data.unsorted[with(data,order(qim,size)),]

我还要指出一个 with语句使阅读代码变得更加容易，并确保您获得正确的列:

with(data[1:2,],
     plotCI(x=X1,li=lower,ui=upper,
            col=as.character(color),
            lty=1,pch=20,
            xaxt="n",
            xlim=c(1,42),ylim=c(0,100),
            gap=0))