r - ggplot2 中两种不同颜色美学映射的不同调色板

Question

我的问题与 this 非常相似和 this还有 this题。我有一个散点图(使用 geom_point )，使用特定的调色板按因子着色。我正在使用 stat_smooth通过按另一个因素分组的点绘制某些平滑线。我希望这些线条使用不同的调色板。

这是一个 Dropbox link to some example data .做一个

currDT <- read.table("SO_data", sep = "|", header = TRUE, strip.white = TRUE)

我通常将我的数据放在 data.table 中，因此您可能会发现更改它也很有帮助。哦，这是我目前使用的配色方案，您可以使用 scale_colour_brewer为了生成你自己的，我只是为了完整性而包括这个。

my_col_scheme <- c("#e41a1c", "#377eb8", "#4daf4a", "#984ea3", "#ff7f00", "#7B8A7B",
    "#0B29D6", "#f781bf", "#999999", "black")

希望这已经足够清楚了。下面是一些示例代码:

icorr_elec <- ggplot(currDT,
                aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
    geom_point(aes(colour = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4) +
    scale_colour_manual(values = my_col_scheme) +
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
            alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                      breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides"))

这如何在 ggplot2 中完成？从我收集的其他问题中，我可以手动指定每一行，但我想避免这种情况。

Answer 1

您可以通过对点使用填充点标记并将其映射到 fill 来为线和点获取单独的颜色映射。美观，同时保持线条映射到 colour审美的。填充点标记是编号为 21 到 25 的标记(请参阅 ?pch )。这是一个例子，改编@RichardErickson 的代码:

ggplot(currDT, aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
  stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
              aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
              alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
  scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                        breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides")) +
  geom_point(aes(fill = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4, colour="transparent") +
  scale_colour_manual(values = c("blue", "red")) +
  scale_fill_manual(values = my_col_scheme) +
  scale_shape_manual(values=c(21,24)) +
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(colour=my_col_scheme[1:8],
                                                 shape=15, size=3)),
         shape = guide_legend(override.aes = list(shape=c(21,24), fill="black", size=3)),
         colour = guide_legend(override.aes = list(linetype=c("dotdash", "F1"))),
         linetype = FALSE)

这是我所做的解释:

在 geom_point , 改 colour美到fill .另外，放 colour="transparent" aes 之外.这将摆脱点周围的边界。如果您想要边框，请将其设置为您喜欢的任何边框颜色。

在 scale_colour_manual ，我已将颜色设置为蓝色和红色，但您当然可以将它们设置为您喜欢的任何颜色。

添加 scale_fill_manual使用 fill 设置点的颜色审美的。

添加 scale_shape_manual并将值设置为 21 和 24(分别为实心圆和三角形)。

里面的东西guides()是修改图例。我不知道为什么，但没有这些覆盖，填充和形状的图例是空白的。请注意，我已经设置了 fill="black"为 shape传说，但它显示为灰色。我不知道为什么，但没有 fill="somecolor" shape传说是空白的。最后，我覆盖了 colour图例以便在颜色图例中包含线型，这让我摆脱了多余的 linetype传奇。我对这个传说并不完全满意，但这是我能想出的最好的方法，而无需求助于特殊用途的grobs。

注意:我改了 color=NA至 color="transparent" , 如 color=NA (在 ggplot2 的第 2 版中)会导致点完全消失，即使您使用具有单独边框和填充颜色的点也是如此。感谢@aosmith pointing this out .