r - 仅当存在不止一个百分比的列时，才如何删除具有NA的行？

Question

我想为以下示例数据集使用na.omit(数据)，但有条件的是，仅当它们出现在“说超过30％”的列中时，才删除带有NA的行。

数据:

        C1     C2     C3     C4     C5
Gene1   0.07   NA     0.05   0.07   0.07
Gene2   0.2    0.18   0.16   0.15   0.15
Gene3   NA     0.93   0.9    NA     0.92
Gene4   0.32   0.05   0.12   0.13   0.05
Gene5   0.44   0.53   0.46   0.03   0.47
Gene6   NA     0.34   NA     0.8    NA
Gene7   0.49   0.55   0.67   0.49   0.89
Gene8   0.25   NA     0.49   NA     NA
Gene9   0.1    0.1    0.05   NA     0.09

因此，生成的文件应如下所示:

        C1     C2     C3     C4     C5
Gene1   0.07   NA     0.05   0.07   0.07
Gene2   0.2    0.18   0.16   0.15   0.15
Gene4   0.32   0.05   0.12   0.13   0.05
Gene5   0.44   0.53   0.46   0.03   0.47
Gene7   0.49   0.55   0.67   0.49   0.89
Gene9   0.1    0.1    0.05   NA     0.09

谢谢您的帮助!

Answer 1

您可以根据NA值的行总和来设置子集:

test[!rowSums(is.na(test)) > ncol(test)*.3,]

        C1   C2   C3   C4   C5
Gene1 0.07   NA 0.05 0.07 0.07
Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89
Gene9 0.10 0.10 0.05   NA 0.09