r - 如何在 R 中为层次集群生成 Scree Plot？

Question

我使用 plot() 函数生成了树状图，并使用 hclust() 进行层次聚类。我希望为此生成一个碎石图。有什么建议吗？

Answer 1

有点晚了，但我有一个答案。

# creating a dissimilarity matrix
res.dist <- dist(USArrests, method = "euclidean")

# creating an object of class "hclust"
res.hc <- hclust(d = res.dist, method = "ward.D2")

可以在 documentation to hclust 中找到，它是一个值列表。您可以使用

检查它们

View(res.hc)

现在，可变高度正是碎石图所需要的。以下代码生成碎石图:

> ggplot(res.hc$height %>%
+            as.tibble() %>%
+            add_column(groups = length(res.hc$height):1) %>%
+            rename(height=value),
+        aes(x=groups, y=height)) +
+     geom_point() +
+     geom_line()

基本上，您所做的是绘制多个组的高度。(它可能不是很优雅，我很高兴听到更短的版本产生相同的结果)。

我的结果是: