AWS 上的 R 和 data.table

Question

这是我尝试在 AWS EC2 实例(Amazon Linux AMI)上安装特定 R 库时遇到的一个非常奇怪的错误。 AWS forums here 中的链接，由其他人发布，实际上很好地突出了我的问题。

错误消息的主要/相关部分是:

data.table.h:6:12: fatal error: omp.h: No such file or directory
#include <omp.h> 

我做了一些研究(虽然我不确定)，我认为这与服务器上是否有启用 OpenMP 的编译器有关。 GitHub 上的 data.table 安装页面对此进行了一些讨论 here ，但我不确定如何在我的 EC2 实例上更新或修复此问题。

对此的任何帮助表示赞赏。

编辑 - 这是一个新问题，因为我能够在不到一个月前在以前的类似 EC2 实例上成功安装 data.table。

编辑 2 - 我通过使用我以前的 EC2 实例解决了这个问题，上面已经安装了 data.table，并从中创建了一个自定义 AMI。通过在启动新实例时使用这个自定义 AMI，他们已经安装了 data.table 库。如果我注意到 AWS 自己解决了这个问题，我会尽量记得回来更新这篇文章!

Answer 1

这里的问题是 data.table 与默认的 gcc 编译器(gcc72-c++.x86_64 作为 R-devel.x86_64 的依赖项安装)的效果不佳。通过添加将 R 指向旧版本

CC=gcc64

在 ~/.R/Makevars .如果您从“干净”的 Amazon Linux AMI 开始，则此文件不存在，您只需键入

mkdir ~/.R
echo "CC=gcc64" >> ~/.R/Makevars