r - Seqfplot : percentage vs. 最频繁序列的数量？

Question

我正在使用 R 包 TraMineR 来计算和分析状态序列。
我想使用命令 seqfplot 获取序列频率图。但是，不是使用设置要绘制的最频繁序列的数量

seqfplot(mydata.seq, tlim=1:20)

设置需要达到的最频繁序列的百分比会很有用 - 例如 - 样本的 50%。我试过这个

seqfplot(mydata.seq, trep = 0.5)

但是 - 不同于 seqrep.grp和 seqrep - 选项 trep seqfplot 不支持命令。我应该创建一个新函数来做到这一点吗？

谢谢你。

Answer 1

你说得对，trep参数是 TraMineR 的参数 seqrep寻找至少覆盖 trep 的代表性序列的函数所有序列的百分比。

如果您特别想要最频繁的序列模式，例如它们的累积百分比频率为 50%，那么您必须自己计算选择过滤器。以下是如何使用 biofam 数据做到这一点。

library(TraMineR)
data(biofam)
bf.seq <- seqdef(biofam[,10:25])

## first retrieve the "Percent" column of the frequency table provided 
## as the  "freq" attribute of the object returned by the seqtab function.

bf.freq <- seqtab(bf.seq, tlim=nrow(bf.seq))
bf.tab <- attr(bf.freq,"freq")
bf.perct <- bf.tab[,"Percent"]

## Compute the cumulated percentages
bf.cumsum <- cumsum(bf.perct)

## Now we can use the cumulated percentage to select
## the wanted patterns
bf.freq50 <- bf.freq[bf.cumsum <= 50,]

## And to plot the frequent patterns
(nfreq <- length(bf.cumsum[bf.cumsum <= 50]))
seqfplot(bf.seq, tlim=1:nfreq)

希望这可以帮助。