conda - 在简单的 snakemake 工作流程中使用 conda 环境

Question

我想知道如何最好(或最简单)将 snakemake 与 conda 结合使用。我知道每个规则都有一个 yaml 文件的“--use-conda”选项。然而，对于一个简单的 snakemake 工作流程，我认为它会更容易(i) 激活单个现有的 conda 环境，(ii) 运行 snakemake 工作流，以及 (iii) 再次停用该环境。

• 这到底是不是一个好而简单的策略，或者什么是首选解决方案？

• 我是否需要在所有相关的 conda 环境中包含 Snakemake 及其依赖项，还是应该全局安装 snakemake？

• 我可以引用现有的 conda 环境而不是提供 conda yaml 描述吗？

Answer 1

根据我在 Linux 环境 (Redhat//CentOS) 中的经验，设置启动 conda 环境的本地别名非常方便，在您登录时立即调用它，然后在该 conda 环境中工作并运行所有内容.

Works great with the Linux screen functionality.

要运行大批量生产，我将使用一个屏幕 (Linux)，它会快速将现有环境(conda 环境因此已经加载)复制到一个新屏幕中。这样您就可以关闭窗口并继续在其他地方工作。我发现从 5 个或更多不同的终端 session 运行相同的 conda 环境(例如“source activate myCondaEvn-2017”)没有问题。

我总是使用 conda 来管理任何运行 Snakemake 的东西。但实际上我从来不需要在生产中使用 --conda 调用。可以嵌套 conda 环境，但是，为每个规则创建 conda 环境的成本(当我有 100 条规则时)成本太高。它确实允许我同时运行 Python 2 和 Python 3，但实际上我从未使用过需要这样做的软件。