r - 如何将数据框的名称和行名用于 ggplot 的 aes？

Question

我有一个数据框 enrichment_df看起来像这样

                                         meclocycline pimozide isocorydine alvespimycin
day1_day3__sham3_strict_enrichment             -0.869    0.855      -0.859        0.539
hour4_day1_day3__sham3_strict_enrichment       -0.294    0.268      -0.539       -0.120
day7_day14__sham3_strict_enrichment            -0.333    0.404       0.297        0.233
day90__sham3_strict_enrichment                 -0.511   -0.657      -0.519        0.184
day14__sham3_strict_enrichment                 -0.239   -0.420       0.513       -0.422
day7__sham3_strict_enrichment                  -0.394   -0.380      -0.408        0.337

我想用来自 https://stackoverflow.com/a/23228273/651779 的例子制作一个重叠的条形图.我希望填充是行名，而 x 轴是列名。我试着用它来绘制它

ggplot(enrichment_df, aes_string(names(enrichment_df), fill = rownames(enrichment_df))) + 
geom_bar(position = 'identity', alpha = .3)

但是，这会产生错误 object 'day1_day3__sham3_strict_enrichment' not found
如何在 ggplot 的 aes(或 aes_string)中使用 rownames 和 colnames？

Answer 1

每当使用 ggplot你应该有长格式的数据:

enrichment_df[ "day" ] <- rownames(enrichment_df)
df.molten <- melt( enrichment_df, id.vars="day", value.name="Enrichment", variable.name="Antibiotics" )

head(df.molten)
                                       day  Antibiotics Enrichment
1       day1_day3__sham3_strict_enrichment meclocycline     -0.869
2 hour4_day1_day3__sham3_strict_enrichment meclocycline     -0.294
3      day7_day14__sham3_strict_enrichment meclocycline     -0.333

这可以由

ggplot(df.molten, aes( x = Antibiotics, y = Enrichment, fill = day ) ) + 
  geom_bar( position = "identity", stat = "identity", alpha = .3 )

我不确定是否 position = "identity"负值就是你要找的。