R - 自动创建每日文件以记录来自 RStudio 控制台的所有内容

Question

我通常为每个项目(每个项目持续数周)在一个 script.R 文件中工作。我想设置一个流程，这样每天当我打开 RStudio 时，我都可以启动一个文件，将我在控制台中看到的所有内容(输入、输出、警告)存储到一个文件中。我还希望它每天创建一个新文件。我在这里读过一些关于如何做这部分内容的讨论，但我不够聪明，无法自己将它们组合在一起。这是我到目前为止所拥有的:

sink(paste("filename.txt", strtrim(Sys.time(),10)), append=T, split=T)
x <- 1:5
y <- 2:6
z <- c(5, 8, 3, 5, 9)
reg <- lm(y ~ x)  #intentional "mistake" used to produce a warning
reg <- lm(z ~ x)
summary(reg)
sink()

我认为这完成了什么:如果这是我第一次这样做，我会得到一个日志文件，该文件将所有输出捕获到一个新文件中，但如果我在 AM 中做一些工作，它将添加到现有文件中，全部关闭，并在当天晚些时候重新开始。

这没有完成什么:它不捕获输入或警告消息，而且我认为它有点笨拙。

我认为这实现了我认为的效果，我说得对吗？有没有办法修改它(或做类似的事情)，这将允许我也捕获输入和警告(基本上是控制台中看到的其余内容)？

谢谢!

Answer 1

预先说明:此答案不提供输入和消息。对您来说更强大的机制是使用 R-markdown 文档:它会捕获警告等，它会在出现错误时继续，它确实包含输入等。只需使用 RStudio 的“编织文档”(甚至笔记本)，你就会得到同样的效果。如果这不能让您满意并且您想坚持使用 sink，请继续阅读。

sink 有一个参数允许保存警告和错误:

sink(file = NULL, append = FALSE, type = c("output", "message"),
     split = FALSE)
...
type: character string.  Either the output stream or the messages
      stream.  The name will be partially matched so can be
      abbreviated.

你不能同时接收“输出”和“消息”，所以你需要调用 sink 两次，每种类型一次。 (它们完全分开处理，因此您也需要单独关闭它们。)

注意买者:help page警告不要下沉消息:

 Sink-ing the messages stream should be done only with great care.
 For that stream 'file' must be an already open connection, and
 there is no stack of connections.

此外，它不支持split，因此您不会看到任何警告或错误。 (这是一个非常重要的问题，足以阻止我为此使用它......我只是突出显示整个控制台并保存在文本编辑器中。但我知道你正在尝试自动化，所以我们将继续.)

有两种方法可以做到这一点:安全(在输出和消息之间失去同步)和未经过良好测试的可能不安全。

安全

msgcon <- file("out1-msg.txt", open = "a")
sink("out1.txt", type = "output", append = TRUE, split = TRUE)
sink(msgcon, type = "message") # does not support split
# do your work here
a <- 1
a
stop("huh?")
sink(NULL, type = "message")
sink(NULL, type = "output")

好处是您将分别安全地收到这两种类型的消息。坏处是您将无法将特定错误/警告与代码或输出中的任何地方联系起来。如果您不介意，请坚持下去。

Not-well-tested-likely-Unsafely

这种方法的问题是两个“进程”可能同时写入同一个文件。这可能会导致数据丢失或(更有可能)困惑/交错的输出。我没有仔细研究代码以查看是否会发生这种情况，也没有对它进行详尽的测试。 您已收到警告。

con <- file("out1.txt", open = "a") # use for both sinks
sink(con, type = "output", append = TRUE, split = TRUE)
sink(con, type = "message")
a <- 2
a
stop("uh-wha?")
sink(NULL, type = "message")
sink(NULL, type = "output")

您仍然需要单独打开和关闭两个 type。