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R 包 "spatstat": How do you get standard errors for non-smooth terms in a poisson process model (function: ppm) when use. gam=TRUE?

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 03:04:01 24 4
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在 R 包中 spatstat (我使用的是当前版本, 1.31-0 ),有一个选项 use.gam .当您将此设置为 true 时,您可以在线性预测器中包含平滑项,与使用 R 包 mgcv 相同的方式.例如,

g <- ppm(nztrees, ~1+s(x,y), use.gam=TRUE) 

现在,如果我想要截距的置信区间,通常可以使用 summaryvcov ,当您不使用时有效 gam但是当你使用 gam 时失败了
vcov(g)

这给出了错误信息
Error in model.frame.default(formula = fmla, data = 
list(.mpl.W = c(7.09716796875, :invalid type (list) for variable 's(x, y)'

我知道当您使用 gam 时,这里的标准误差近似值是不合理的。 ,但这是由 捕获的警告 信息:
In addition: Warning message: model was fitted by gam();
asymptotic variance calculation ignores this

我不关心这个——我准备为我使用它们的目的来证明使用这些标准错误的合理性——我只想要数字,并希望避免“写我自己的”这样做。

我上面得到的错误信息似乎并不取决于我使用的数据集。我用了 nztrees这里的例子是因为我知道它预装了 spatstat .似乎它在提示变量本身,但模型清楚地理解语法,因为它适合模型(并且预测值,对于我自己的数据集,看起来非常好,所以我知道它不仅仅是抽出垃圾)。

有没有人对此有任何提示或见解?这是一个错误吗?令我惊讶的是,我一直无法在网上找到任何关于此的讨论。任何帮助或提示表示赞赏。

编辑:虽然我已经在这里明确回答了我自己的问题,但我暂时不会接受我的回答。这样,如果有人有兴趣并愿意为此努力寻找“解决方法”,而无需等待 spatstat 的下一个版本。 ,我可以奖励他/她。否则,我将在赏金期结束时接受我自己的答案。

最佳答案

我已经就此事联系了软件包作者之一 Adrian Baddeley。他迅速回复并告诉我这确实是软件的错误,显然,我是第一个遇到它的人。幸运的是,他只用了很短的时间就找到了问题并加以纠正。该修复程序将包含在 spatstat 的下一个版本 1.31-1 中。

编辑: spatstat更新版已发布,不再有此错误:

g <- ppm(nztrees, ~1+s(x,y), use.gam=TRUE)
sqrt( vcov(g)[1,1] )
[1] 0.1150982
Warning message:
model was fitted by gam(); asymptotic variance calculation ignores this

the spatstat website对于其他发行说明。感谢所有阅读和参与此主题的人!

关于R 包 "spatstat": How do you get standard errors for non-smooth terms in a poisson process model (function: ppm) when use. gam=TRUE?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/15074222/

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