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snakemake - 是否可以在蛇形试运行中打印命令而不是规则?

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 03:03:02 25 4
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试运行是工作流语言的一项非常重要的功能。我所看到的主要是如果我运行命令会执行什么,而这正是运行时所看到的 make -n .

然而,类比功能 snakemake -n打印出类似的东西

Building DAG of jobs...

rule produce_output:
output: my_output
jobid: 0
wildcards: var=something

Job counts:
count jobs
1 produce_output
1

日志包含除执行命令之外的所有其他内容。有没有办法从snakemake获取命令?

最佳答案

snakemake -p --quiet -n
-p用于打印 shell 命令 -n用于试运行 --quiet去除其余部分

编辑 2019 年一月

对于snakemake的最新版本,此解决方案似乎已损坏

关于snakemake - 是否可以在蛇形试运行中打印命令而不是规则?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/47415371/

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