r - knitr 奇怪的失控行为与数字

Question

我对数字有奇怪的行为。在某些 block 中，knitr 从单个 plot 函数生成两个图形，并且从“chunkname”生成的图形被命名为“chunkname1.pdf”和“chunkname2.pdf”。有时，第一个只是一个与第二个相同大小的空白图形，有时是一个无法打开的文件。作为解决方法，我设置了 fig.keep='last' 选项。但是现在我想显示来自同一 block 的两个图并将 fig.keep 设置为其默认值，knitr 生成 3 个 PDF 图文件，第一个文件是损坏的文件(无法打开) ).

我在 Win7 64 下有 knitr 版本 1.2 (2013-04-10)，R 3.0.0 64 位 (r62697 2013-04-30)。以下是我正在使用的设置:

knit_hooks$set(par = function(before, options, envir) {
  if (before) par(mar = c(4, 4, .1, .1))
})

opts_knit$set(concordance=TRUE, self.contained=TRUE)

opts_chunk$set(fig.path="figSW/SW-", keep.source=FALSE, 
   verbose=TRUE,  message=FALSE)

我无法用一个简单的例子重现它。但是，在尝试创建这样一个示例时，我发现了其他奇怪的结果。在下面的示例中，只有图 1、2 和 10 正确显示，而所有其他图都没有显示(未生成 PDF 文件，并且始终未在 .tex 中生成 \includegraphics文件。)

\documentclass[12pt,a4paper]{article}
 \begin{document}
Plot 1
<<test-t, echo=TRUE, results="asis", fig.width=10, fig.height=5>>=
x = c(1,2,3)
y = c(1,3,2)
plot(x,y)
@
Plot 2\\
<<test-tt, echo=FALSE, results="hide", fig.width=10, fig.height=5>>=
plot(x,y)
@
\newpage
Plot 3
<<test-s, echo=TRUE, results="asis", fig.width=10, fig.height=5>>=
x = c(1,2,3)
y = c(1,3,2)
plot(x,y)
@
Plot 4\\
<<test-ss, echo=FALSE, results="hide", fig.width=10, fig.height=5>>=
plot(x,y)
@
\newpage
Plot 5
<<test-r, echo=TRUE, results="asis", fig.width=10, fig.height=5>>=
x = c(1,2,3)
y = c(1,3,2)
plot(x,y)
@
Plot 6\\
<<test-rr, echo=FALSE, results="hide", fig.width=10, fig.height=5>>=
plot(x,y)
@
\newpage
Plot 7
<<test-v, echo=TRUE, results="asis", fig.width=10, fig.height=5>>=
x = c(1,2,3)
y = c(1,3,2)
plot(x,y)
@
Plot 8\\
<<test-vv, echo=FALSE, results="hide", fig.width=10, fig.height=5>>=
plot(x,y)
@
\newpage
Plot 9
<<test-u, echo=TRUE, results="asis", fig.width=10, fig.height=5>>=
x = c(1,2,3)
y = c(1,3,2)
plot(x,y)
@
Plot 10\\
<<test-uu, echo=FALSE, results="hide", fig.width=10, fig.height=5>>=
plot(x,y)
@
\end{document}

更奇怪的是，从 R-Studio 中编译相同的文件，除了 1,2 和 10 之外，我还得到了图 6 的预期结果。

Answer 1

我无法使用您的示例和 knitr 1.2/R 3.0 重现该问题。我按预期看到了所有 10 个图。

对于损坏的 PDF 图形，这似乎是 knitr 开发版本中已修复的错误。你可以试试

install.packages('knitr', repos = 'http://www.rforge.net/', type = 'source')