r - 颜色 PCA 取决于预定义的组？-6ren

r - 颜色 PCA 取决于预定义的组？

转载作者：行者123 更新时间：2023-12-04 02:56:09

25

4

<分区>

我有一个问题，当我尝试对一些基因表达数据做 PCA 图时，我使用下面的代码来绘制它，但我想根据组织所属的类别制作不同的颜色。

data <- read.table("rmaFinal.txt", row.names=1, sep="\t",header=TRUE, dec=".")
pca <- prcomp(t(data), cor=TRUE)
plot(pca$x, pch=20)

我的数据格式为

      Tissue1 tissue2 tissue3
Gene1 1        2       3
Gene2 2        3       4
Gene3 3        4       5

我总共有 116 种不同的组织，所有组织都可以分为 12 类。因此，我有一个这样的列表，其中包含 116 种组织类型中每一种的类别。

category = c( "Seed","Seed","Seed","Stem","Seed","Seed","Seed","Mesocotyl","Spikelets")

我想根据给定样本属于 12 个类别中的哪一个来为我的 PCA 图着色。我试着四处阅读，但我能找到的解决方案都没有解决这个问题。我如何将类别列表与 PCA 图结合起来？

25

4

0

文章推荐： angular - 如何测试具有去抖时间的效果？

文章推荐： xcode - 为什么我不能再调整 View 大小了？

r - 计算 R 中的 R 平方内、R 平方之间或整体 R 平方
我正在从 Stata 迁移到 R(plm 包)，以便进行面板模型计量经济学。在 Stata 中，面板模型(例如随机效应)通常报告组内、组间和整体 R 平方。 I have found plm 随机效应
r - Revolution R 中的模块是开源的。 R 许可证是否意味着我可以免费使用随附的 R 软件包？
关闭。这个问题不符合Stack Overflow guidelines .它目前不接受答案。想改进这个问题？将问题更新为 on-topic对于堆栈溢出。 6年前关闭。 Improve this qu
r - 如何从 R 中的用户输入中读取向量并将其用于进一步处理 [R]
我想要求用户输入整数值列表。用户可以输入单个值或一组多个值，如 1 2 3(spcae 或逗号分隔)然后使用输入的数据进行进一步计算。我正在使用下面的代码 EXP <- as.integer(rea
r - R 中的分类变量 - R 选择哪一个作为引用？
当 R 使用分类变量执行回归时，它实际上是虚拟编码。也就是说，省略了一个级别作为基础或引用，并且回归公式包括所有其他级别的虚拟变量。但是，R 选择了哪一个作为引用，以及我如何影响这个选择？具有四个级
r - 制作数据框或排名调整后的 R 平方 - R
这个问题基本上是我之前问过的问题的延伸:How to only print (adjusted) R-squared of regression model? 我想建立一个线性回归模型来预测具有 15
r - 将已安装的 R 包传输到另一台计算机上的 R
我在一台安装了多个软件包的 Linux 计算机上安装了 R。现在我正在另一台 Linux 计算机上设置 R。从他们的存储库安装 R 很容易，但我将不得不使用安装许多包 install.package
r - R 中字符的对象大小 - R 全局字符串池如何工作？
我正在阅读 Hadley 的高级 R 编程，当它讨论字符的内存大小时，它说: R has a global string pool. This means that each unique strin
r - 是否写入 "ui.R + server.R"或 "app.R"
我们可以将 Shiny 代码写在两个单独的文件中，"ui.R"和 "server.R" , 或者我们可以将两个模块写入一个文件 "app.R"并调用函数shinyApp() 这两种方法中的任何一种在性
r - 在 .R 文件中保存 R 对象(代码)(R 遗传编程)
我正在使用 R 通过 RGP 包进行遗传编程。环境创造了解决问题的功能。我想将这些函数保存在它们自己的 .R 源文件中。我这辈子都想不通怎么办。我尝试过的一种方法是: bf_str = print(b
r - 如何让 R 在编辑后自动加载我的 .r 文件？
假设我创建了一个函数“function.r”，在编辑该函数后我必须通过 source('function.r') 重新加载到我的全局环境中。无论如何，每次我进行编辑时，我是否可以避免将其重新加载到我的
r - 是否可以在命令行中将代码通过管道传递给 R 或 R 脚本？
例如，test.R 是一个单行文件: $ cat test.R # print('Hello, world!') 我们可以通过Rscript test.R 或R CMD BATCH test.R 来
r - 我可以使用 R 笔记本作为 R 包小插图吗？
我知道我可以使用 Rmd 来构建包插图，但想知道是否可以更具体地使用 R Notebooks 来制作包插图。如果是这样，我需要将 R Notebooks 编写为包小插图有什么不同吗？我正在使用最新版本
r - 在 R 运行时更新 R 包
我正在考虑使用 R 包的共享库进行 R 的站点安装。多台计算机将访问该库，以便每个人共享相同的设置。问题是我注意到有时您无法更新包，因为另一个 R 实例正在锁定库。我不能要求每个人都关闭它的 R
r - 如何从命令行向 R 提供表达式但阻止 R 立即退出？
我知道如何从命令行启动 R 并执行表达式(例如， R -e 'print("hello")' )或从文件中获取输入(例如， R -f filename.r )。但是，在这两种情况下，R 都会运行文件中
r - 从另一个 .r 文件中编辑 .r 文件
我正在尝试使我当前的项目可重现，因此我正在创建一个主文档(最终是一个 .rmd 文件)，用于调用和执行其他几个文档。这样我自己和其他调查员只需要打开和运行一个文件。当前设置分为三层:主文件、2 个读
r - 是否有任何简单的方法可以在 R 中制作不需要安装 R 的桌面应用程序
关闭。这个问题不符合Stack Overflow guidelines .它目前不接受答案。想改进这个问题？将问题更新为 on-topic对于堆栈溢出。 5年前关闭。 Improve this qu
r - 如何在 R 包的手册中包含 Authors@R？
我的 R 包中有以下描述文件 Package: blah Title: What the Package Does (one line, title case) Version: 0.0.0.9000
r - 将 R 代码转换为 R 风格
有没有办法更有效地编写以下语句？accel 是一个数据框。 accel[[2]]<- accel[[2]]-weighted.mean(accel[[2]]) accel[[3]]<- accel[[
r - 安装 R 包时，R 如何检查系统外部依赖项？
例如，在尝试安装 R 包时 curl作为 usethis 的依赖项: * installing *source* package ‘curl’ ... ** package ‘curl’ succes
r - 在 R 包中包含 R 脚本
我想将一些软件作为一个包共享，但我的一些脚本似乎并不能很自然地作为函数运行。例如，考虑以下代码块，其中“raw.df”是一个包含离散和连续类型变量的数据框。函数“count.unique”和“squa

首页

博学

6Ren·AI

商城

r - 颜色 PCA 取决于预定义的组？