r - LMERConvenienceFunctions 前后拟合函数错误 : model not a mer object

Question

我尝试使用 LMERConvenienceFunctions 包中的 bfFixefLMER_t.fnc 或 fitLMER.fnc。在这两种情况下，我都会收到“输入模型不是 mer 对象”的错误消息。

我尝试了 http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/LMERConvenienceFunctions/html/00Index.html 中的示例.我得到了同样的错误。

例如，当我从示例运行时

fitLMER.fnc(mB, backfit.on = "t", item = FALSE, 
    ran.effects = c("(FreqB | Subject)",
    "(LengthB | Subject)", "(WMC | Item)"))

这是我得到的结果。

Warning in fitLMER.fnc(mB, backfit.on = "t", item = FALSE, ran.effects = c("(FreqB | Subject)",  :resetting argument "method" to "t"

**backfitting fixed effects**

Warning in bfFixefLMER_t.fnc(model = model, item = item, method = method,  :factor variable with more than two levels in model terms, backfitting on t-values is not appropriate, please use function "bfFixefLMER_F.fnc" instead.

Error in bfFixefLMER_t.fnc(model = model, item = item, method = method,  : the input model is not a mer object

有没有人有过使用这些功能的经验？

有反向拟合固定效应和正向拟合随机效应的函数。有没有办法为 glmer 模型做固定效应的正向拟合？或者这在统计上毫无意义？我是做生态建模的，对高级统计了解的不多，所以，如果有人能通俗易懂的解释一下，还请多多指教

sessionInfo()

R 版本 3.0.1 (2013-05-16)平台:x86_64-pc-linux-gnu(64 位)

语言环境: [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_GB.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
[7] LC_PAPER=C LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

附加基础包:[1] stats graphics grDevices utils datasets 方法基础

其他附包:[1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.99999911-8
[3] RcppEigen_0.3.1.2.1 Rcpp_0.10.4
[5] Matrix_1.0-12 lattice_0.20-23
[7] LCFdata_1.0

通过命名空间加载(而不是附加):[1] grid_3.0.1 MASS_7.3-28 minqa_1.2.1 nlme_3.1-111 rpart_4.1-2
[6] splines_3.0.1 tools_3.0.1

Answer 1

您正在使用经过大修的 lme4 包的(旧)版本，它返回 merMod 对象而不是 mer 对象，因此不是与 LMERConvenienceFunctions 兼容。我在使用即将发布的 1.0-4 版本时遇到同样的错误。

如果我从 CRAN 安装最新版本 (0.999999-2)，则不会出现错误。我建议删除您当前的 lme4 并安装来自 CRAN 的最新版本，并检查其版本:

> detach("package:lme4",unload=TRUE)
> remove.packages("lme4")
> install.packages("lme4")
> packageVersion("lme4")
[1] ‘0.999999.2’

这应该可以解决您的问题。但是请注意，您将丢失 advantages of the new version。 .

此外，在接下来的几天里，新的 lme4 应该会出现在 CRAN 上，如果您更新您的软件包，将会再次破坏 LMERConvenienceFunctions。不过，我想 LMERConvenienceFunctions 的作者将很快更新他们的包以再次兼容。