r - RStan 会在 super 计算机上运行吗？

Question

Stan 是 Gelman et al 的新贝叶斯分析软件.

我猜，RStan 是一种从 R 中调用 Stan 的方法。

Stan/RStan 是否会在运行 Linux 操作系统的 super 计算机上运行，​​如果可以，是否可以利用 super 计算机的多处理器？有人告诉我 WinBUGS 不能在 Linux 机器上运行和/或不能利用 super 计算机的多处理器。

我正在寻找一种方法来加速贝叶斯分析——从几周到几天/几小时。

Answer 1

Stan 和 rstan 应该在支持依赖项的 Linux、Mac 或 Windows 上运行。我们尚未在 BSD 或 Oracle 上进行测试，但我们希望它们能够与 g++ 或 clang 编译器(尽管不是 Oracle 编译器)一起使用。

Stan 或 rstan 中没有明确的并行代码，但也没有任何代码可以阻止多个进程同时执行二进制文件。例如，如果您在 bash shell 的命令行中使用 Stan，您可以执行以下操作

./my_model --data=my_data.dump --seed=12345 --chain_id=1 --samples=samples_1.csv &
./my_model --data=my_data.dump --seed=12345 --chain_id=2 --samples=samples_2.csv &

等等，你喜欢多少链。并行执行时使用相同的种子但不同的 chain_id 很重要。

如果你使用的是 rstan 包，你可以调用 main stan()使用 R 和您的操作系统支持的任何并行引擎来运行。同样，最好传递相同的种子和不同的 chain_id。截至 rstan v1.0.3 (尚未发布)，有一个名为 sflist2stanfit() 的函数这需要一个列表 stanfit可能已并行生成并将它们组合成单个 stanfit 的对象分析对象。

有关更多信息，有一个专门用于并行执行的线程位于

https://groups.google.com/d/topic/stan-users/3goteHAsJGs/discussion