python - 模糊正则表达式 : fuzzy count for substitution is always 1

Question

我正在使用 Python 正则表达式模块进行近似字符串匹配。我有一个 DNA 序列，我想搜索一个特定的模式，同时允许最多 1 个替换:{s<=1}。在 DNA 序列中，可以接受多种模式。例如，前三个字符可以是“GAG”或“GAT”，同样的原则也适用于 DNA 序列的其余部分。

我在下面做了一个例子，我想在一个 9 个字符长的字符串上使用正则表达式搜索。据我了解，该模式应与字符串匹配，无需任何替换。

但是，正则表达式为我提供了模糊计数为 1 的替换匹配项(见下文)。我不明白这一点，因为序列与模式匹配。

import regex

dna_patt = regex.compile("((GAG|GAT)(TCT|GAA)(GCC|GGG|GGT)){s<=1}")
sequence = "GATGAAGGG"

print(dna_patt.search(sequence))

<regex.Match object; span=(0, 9), match='GATGAAGGG', fuzzy_counts=(1, 0, 0)>

当我去掉三个字符的多个选项后，这个问题就不会再出现了。

dna_patt = regex.compile("(GATGAAGGG){s<=1}")

print(dna_patt.search(sequence))

<regex.Match object; span=(0, 9), match='GATGAAGGG'>

我的问题是:我在模式创建中做错了什么？还是我误解了模糊计数的工作原理？欢迎任何提示或改进。

Answer 1

来自正则表达式模块文档:

By default, fuzzy matching searches for the first match that meets thegiven constraints.

在您的情况下，第一个匹配项是使用 GAG 并执行一次替换获得的(因为 GAG 在 GAT 之前尝试)。您可以使用 BESTMATCH 标志来寻找最佳匹配:

import regex

dna_patt = regex.compile("((GAG|GAT)(TCT|GAA)(GCC|GGG|GGT)){s<=1}", regex.BESTMATCH)
sequence = "GATGAAGGG"

print(dna_patt.search(sequence))

它给出:

<regex.Match object; span=(0, 9), match='GATGAAGGG'>